在农业用地上建房子，一般情况下是不合法的，因为这违反了我国严格的土地用途管制和耕地保护制度。不过，也存在一些特殊合法情况，下面我将从这两个方面为你详细分析：
一、不合法的依据与分析
土地用途管制与耕地保护：
- 我国实行严格的土地用途管制制度和耕地保护制度，耕地主要用于农业生产，以确保国家的粮食安全和农业可持续发展。
- 《土地管理法》明确规定，禁止占用耕地进行非农业建设，如建窑、建坟、建房等。未经批准擅自改变耕地用途是违法的，可能面临法律制裁，包括责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋，并可能承担拆除费用。
对土地和资源的影响：
- 擅自在耕地上建房会破坏耕地的原有功能，导致土壤质量下降、生态环境破坏以及粮食生产能力的降低，这对国家的粮食安全和农业可持续发展构成威胁。
二、特殊合法情况
尽管一般情况下在农业用地上建房是不合法的，但在特定条件下，经过合法审批程序将耕地转为建设用地后，建房行为可以变得合法。这些特定条件包括：
国家重点建设项目：
- 如因国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实难以避让永久基本农田，涉及农用地转用或者土地征收的，必须经国务院批准后方可实施。
合法的审批程序：
- 农村村民在符合宅基地申请条件的前提下，可以通过一系列法定程序将耕地依法转为建设用地后再建房。这包括经过本集体经济组织同意、乡（镇）人民政府审核、县级人民政府批准等步骤，并办理农用地转用审批手续。
- 具体流程包括：提交申请（详细说明建房用地位置、面积、层数及用途等，并填写相关申请审批表，同时提交必要的身份证明和原宅基地使用证明（如有））、村民小组讨论与村委会审核（审核内容涵盖申请资格、用地位置和面积是否符合规划等，审核通过后进行公示，无异议后上报乡（镇）人民政府）、乡（镇）人民政府审批（组织相关部门实地勘查，对符合条件的核发《乡村建设规划许可证》和《宅基地批准书》；不符合条件的，书面通知申请人并说明理由）、放线开工（取得两证后，在规定时间内开工建设，开工前，乡（镇）政府组织放线定位，确定宅基地的具体位置和边界，建房户必须严格按照批准的要求进行施工）。
遵守规划要求：
- 即使在农村地区，也存在特定的土地利用规划和村庄规划。村民在建造住宅时，应当遵守这些规划，并依法申请宅基地使用权。
三、建议与风险提示
- 咨询与了解：在打算在农业用地上建房之前，务必咨询当地的土地管理部门或专业律师，了解相关的法律法规和政策要求，确保自己的行为符合法律规定。
- 合法审批：如果确实需要在农业用地上建房，应依法申请相关审批手续，并按照规划要求进行建设。不要试图通过非法手段改变土地用途，以免面临严重的法律后果。
- 保护耕地：保护耕地是我国的基本国策之一，任何单位和个人都应遵守相关法律法规，不得擅自改变耕地的性质和用途。
综上所述，农业用地上建房的合法性取决于是否获得了相关政府部门的批准和许可。在未经批准的情况下擅自进行建设是违法的，并可能面临严重的法律后果。因此，在进行此类活动前，务必进行充分的法律咨询和准备。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。