针对您提出的“村集体企业没办补办土地手续流程怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，村集体企业补办土地手续通常涉及土地征收和协议出让两个主要环节。具体流程可能因地区政策差异而略有不同，但以下是一个通用的参考流程：

一、土地征收环节

1. 确认补办条件：

   • 您的企业需是在2006年9月6日以前以集体土地使用方式取得工业用途的集体建设用地使用权。
   • 土地需符合城乡规划和环境功能区规划，且在不改变土地用途的前提下进行补办。

2. 办理土地征收手续：

   • 如果企业经批准使用的原村集体土地已按有关规定征地补偿安置到位，土地属于镇（街道）农民集体所有，由镇政府或街道办事处代表签署土地征收协议。
   • 如果集体土地的征地补偿未到位或原征地协议中有附带条件，需按照现行规定重新履行征地程序。
   • 土地征收时，需保持原企业建设时规划批准现状，原建设用地规划许可证可作为办理征收、出让的规划依据。

3. 地上物处理：

   • 企业现状建筑物与房产证不符合的，需按现行违章建筑处置有关规定处置完毕后办理土地征收手续。
   • 土地征收后，地上物的使用权、所有权由原权利人持有，土地由集体拨用转为国有划拨。

二、协议出让环节

1. 申请补办出让手续：

   • 经批准征收后，原集体建设用地使用权人需向市自然资源和规划局申请补办出让手续。

2. 提交申请材料：

   • 包括占用集体土地申请表、建设项目批准文件、集体土地权属证书或权属证明材料、农业部门、规划部门、税务部门等部门的批准文件或证明材料、土地利用规划审查图、勘测定界技术报告书和勘测定界图、土地补偿协议、地质灾害危险性评估报告等。

3. 审查与评估：

   • 市自然资源和规划局对申请材料进行审查，并就申请地块的土地用途、产业政策、环境功能区划等征询有关部门意见。
   • 经审查符合办理协议出让手续条件的，由市自然资源和规划局组织地价评估、拟定协议出让方案。

4. 补缴土地出让金：

   • 补办协议出让的，需按照现时点市场评估价格补缴土地出让金。
   • 应补缴的出让金核定公式为：应缴纳的土地使用权出让金额=拟出让时的出让土地使用权市场价格-拟出让时的原企业已支付的集体拨用土地使用权权益价格。

5. 办理出让手续：

   • 经市国有土地出让领导小组办公室集体决策、综合确定后，办理土地出让手续。

三、注意事项

1. 政策差异：

   • 不同地区的政策可能存在差异，具体流程和要求可能有所不同。因此，在办理前，建议您先咨询当地自然资源和规划局或相关部门，了解具体的政策要求和办理流程。

2. 材料准备：

   • 办理过程中需要提交多种申请材料，请务必按照要求准备齐全，并确保材料的真实性和有效性。

3. 时间安排：

   • 办理土地手续可能需要一定的时间，请合理安排时间，避免影响企业的正常运营。

4. 专业咨询：

   • 如果您对办理流程或政策要求有疑问，可以寻求专业律师或土地咨询机构的帮助，以确保办理过程的顺利进行。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您在办理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询当地相关部门或专业人士。