违建厂房能否补办手续使其合法，需根据具体情况具体分析，并非所有违建厂房都能通过补办手续合法化。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
一、可以补办手续的情形
程序违规但符合规划：
- 若厂房在建设时因各种原因未及时办理相关建设审批手续（如未取得建设工程规划许可证），但厂房本身符合城乡整体规划要求，不影响公共利益和他人合法权益的，通常可以通过补办手续使其合法化。
- 示例：某企业在建设厂房时未及时申请建设工程规划许可证，但厂房位置、规模、设计等均符合规划。此时，企业可向相关部门说明情况，补交费用，并按照规定程序补办手续，使厂房合法化。
历史遗留问题：
- 在特定历史时期，由于法律法规不完善、管理不规范等原因建造的厂房，虽然按现行标准可能被认定为违章建筑，但政府可能会出台相关政策允许补办手续。
- 示例：老旧工业区中早期建设的厂房可能缺乏完善产权登记和建设审批手续。随着城市管理规范发展，政府可能会开展专项工作，为符合条件的厂房补办产权证书等手续。
二、无法补办手续的情形
严重违反规划：
- 若厂房严重违反城乡规划，如在禁止建设的区域（如公共绿地、河道保护范围、交通要道控制区）进行建设，影响城市整体布局和功能，通常不能通过补办手续合法化。
- 示例：开发商未经批准在城市规划公园绿地上建设商业厂房，破坏生态环境和公共服务功能。即使提出补办手续申请，也不会得到批准，将面临拆除。
存在安全隐患且无法消除：
- 若厂房本身存在严重安全隐患（如结构不稳固、不符合消防要求），且无法通过整改等措施消除这些隐患，这类违章建筑也不能补办手续。
- 示例：老旧厂房私自加建多层房屋，加建部分结构简陋，影响整栋厂房结构安全。经专业机构鉴定无法加固确保安全，则该加建部分需拆除，无法补办手续。
三、补办手续的具体流程（若符合补办条件）
咨询与准备：
- 向当地自然资源管理部门、城乡规划部门或建设主管部门咨询，了解具体政策和要求。
- 准备必要材料，包括申请书、土地使用证明（土地出让合同、土地使用权证等）、建筑设计图纸、申请人身份证明等。
正式提交申请：
- 将准备好的材料提交至规划或建设主管部门，填写申请表格，申请合法性认定和补办手续。
调查与审核：
- 相关部门将实地查看厂房，核实建设情况是否与申请材料一致。
- 审查提交的材料是否真实有效，是否符合规划和安全标准。
缴纳费用：
- 若审核通过，需缴纳相关费用，包括但不限于罚款、土地出让金、税费及城市基础设施配套费。罚款根据违建情节确定，其他费用依据土地性质、面积等因素计算。
办理证件：
- 确认厂房建设符合规划后，颁发建设工程规划许可证。
- 如需施工，确保施工过程符合质量管理要求，办理建筑工程施工许可证。
- 完成上述手续后，到不动产登记部门办理不动产登记证，实现产权合法登记。
四、建议与总结
- 若厂房被认定为违章建筑，建议先咨询当地相关部门或直接向我咨询，了解具体法律法规和政策，再根据实际情况决定是否可以尝试补办手续。
- 为避免未来出现类似问题，建议在建设厂房前充分了解并遵守相关法律法规和规划要求。
- 补办手续的过程可能涉及多个部门、多项费用和复杂程序，因此建议寻求专业法律帮助以确保合规性和成功率。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。