针对您提出的“土地侵占厂房怎么处理”的问题，这确实是一个涉及土地管理和规划的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、明确土地性质与法律规定
首先，需要明确的是，土地的使用受到严格的法律管制，特别是耕地，其保护更是重中之重。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，永久基本农田是受到严格保护的，任何单位和个人都不得擅自占用或改变其用途。对于非永久基本农田的一般耕地，如果需要建设占用，也必须办理农用地转用审批手续，未经批准，不得擅自将农用地转为建设用地。
二、具体处理方式
核实土地性质：
- 在处理土地侵占厂房的问题时，首先要确认所占用的土地是否为耕地，以及是否为永久基本农田。这可以通过查询当地土地利用总体规划图或咨询自然资源部门来核实。
申请合法手续（如适用）：
- 如果所占用的土地为非永久基本农田，且符合规划条件，那么可以依法申请农用地转用审批。这需要提交项目立项文件、选址意见书等材料至县级以上政府自然资源主管部门，经批准后方可实施建设。
拆除与复垦（若违法）：
- 对于未取得审批手续已建成的厂房，自然资源主管部门将下达《责令停止违法行为通知书》，要求立即停止建设，并限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。如果逾期不履行，将依法强制拆除并处以罚款。
补办手续（特殊情形）：
- 在某些特殊情形下，如符合国土空间规划的存量违法建筑，在落实处罚后可按程序补办用地手续。但如果不符合规划，则必须拆除。不过，地方政府可能会根据实际情况制定分阶段整改方案。
追究法律责任：
- 非法占地行为不仅可能面临行政处罚，如罚款等，还可能触及刑事责任。根据《土地管理法》及其实施条例，对非法占用土地的单位和个人，将处以每平方米100元以上1000元以下的罚款。同时，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。如果非法占用耕地数量较大，造成耕地大量毁坏，还可能触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪。
三、建议与注意事项
提前规划与咨询：
- 在项目启动前，务必向自然资源部门咨询土地性质和规划要求，避免因信息不对称导致违法行为。
关注政策动态：
- 及时跟踪最新土地管理法规和政策调整，如耕地“非农化”“非粮化”整治专项行动等，以确保项目合规。
专业机构介入：
- 建议委托具有资质的测绘单位和法律顾问参与项目前期工作，确保用地合法性审查到位，降低法律风险。
综上所述，土地侵占厂房是一个复杂且敏感的问题，需要依法依规进行处理。务必遵守土地管理法规，确保土地使用合法合规，以避免不必要的法律风险和经济损失。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，建议及时咨询专业律师或相关部门以获取更具体的指导和帮助。