占用农田建厂房属于违法行为，需承担法律责任并恢复土地原状，具体处理方式如下：

1. 法律定性
   根据《土地管理法》第四十四条、第七十七条，农田（尤其是基本农田）属于农用地，未经依法批准擅自改变用途用于非农业建设（如建厂房），属于非法占用农用地行为。若占用面积达到一定标准（如基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上），还可能触犯《刑法》第三百四十二条，构成非法占用农用地罪，需承担刑事责任。

2. 行政处理流程

   • 责令退还土地：自然资源主管部门（原国土部门）会要求违法者限期拆除厂房、恢复土地原状，并退还非法占用的农田。
     
   • 罚款：根据《土地管理法实施条例》第五十七条，按非法占用土地面积处每平方米100元以上1000元以下罚款（具体标准因地区而异）。
     
   • 没收违法所得：若厂房已产生收益（如出租、生产），可能被没收违法所得。
     
   • 限期整改：若符合土地利用总体规划，可能被要求补办用地手续（但农田转为建设用地需经国务院或省级政府批准，概率极低）。

3. 刑事责任风险
   若占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上，且造成耕地种植条件严重毁坏，可能被追究刑事责任：

   • 量刑标准：处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
     
   • 典型案例：2021年某企业非法占用基本农田8亩建厂房，负责人被判处有期徒刑6个月，缓刑1年，并处罚金5万元。

4. 实务建议

   • 立即停止建设：若正在施工，应立即停工并拆除已建部分，避免损失扩大。
     
   • 主动整改：联系当地自然资源部门，配合调查并制定恢复方案（如复垦），可能减轻处罚。
     
   • 法律救济：若对处罚不服，可在收到决定书60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼，但需注意：行政处罚的合法性审查标准严格，胜诉概率较低。
     
   • 合规用地：未来需通过合法途径申请建设用地，如参与“招拍挂”程序或使用存量建设用地。

提示：农田保护是国家红线，违法占用成本极高。若您已涉及此类问题，建议携带土地权属证明、建设合同等材料，向我进一步咨询具体应对方案。