农田建设占用耕地是一个涉及土地管理和使用的重要问题，需要遵循相关法律法规和程序进行处理。以下是对该问题的详细解答：
一、合法占用耕地进行农田建设的流程
了解法律法规：
- 在进行农田建设之前，必须详细了解《中华人民共和国土地管理法》及相关地方性法规中关于耕地占用和建设的相关规定。
申请与审批：
- 提交申请：向当地农村集体经济组织或村民委员会提交农田建设用地申请，明确建设内容、用地位置、面积及规划要求等。
- 组级讨论与公示：村民小组对申请进行讨论，并在小组范围内进行公示，征求其他村民意见。
- 村级审查：村委会审查申请材料的真实性和合规性，通过后签署意见并加盖公章，报送至乡（镇）人民政府。
- 乡镇审核与实地勘查：乡（镇）人民政府组织相关部门进行实地勘查，核实申请情况，并对是否符合农田建设条件进行审核。
- 县级审批：涉及农用地转用的，需由县级人民政府自然资源主管部门审查申请材料，并报县级人民政府批准。
办理相关手续：
- 获得批准后，需按照批准文件的要求办理相关手续，如缴纳土地使用费、签订土地使用合同等。
- 在建设过程中，应严格遵守土地管理法规，不得擅自改变土地用途或扩大用地范围。
二、非法占用耕地进行农田建设的法律后果
法律责任：
- 未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用耕地进行农田建设的，将依法承担法律责任。
- 县级以上人民政府农业农村主管部门或自然资源主管部门将责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施。
处罚措施：
- 对非法占用耕地的行为，相关部门将依法作出处罚决定，如罚款、没收违法所得等。
- 如构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
三、应对非法占用耕地的建议
加强监管：
- 政府部门应加强对耕地使用的监管力度，定期巡查和检查，及时发现和制止非法占用耕地的行为。
提高法律意识：
- 农田建设者应提高法律意识，了解并遵守土地管理法规，确保农田建设的合法性和合规性。
寻求法律帮助：
- 如遇到非法占用耕地的情况，应及时向当地自然资源主管部门或农业农村主管部门反映情况，并寻求法律帮助和支持。
综上所述，农田建设占用耕地必须遵循相关法律法规和程序进行处理。在合法占用耕地进行农田建设时，应严格按照申请与审批流程办理相关手续；在非法占用耕地时，将依法承担法律责任。因此，建议农田建设者在建设前详细了解相关法律法规和程序要求，确保农田建设的合法性和合规性。