设施农用地占用耕地需根据具体情况依法处理，核心原则是“符合规划、审批备案、保护耕地、恢复原状”，具体处理方式如下：

1. 符合设施农用地政策且已审批备案的，可依法使用
   根据《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号），设施农用地包括生产设施用地和附属设施用地（如看护房、农资农机存放场所等），若占用耕地需满足以下条件：

   • 符合规划：项目需符合当地国土空间规划或农业发展规划；
     
   • 备案手续：需经乡镇政府审核、县级自然资源部门和农业农村部门备案；
     
   • 耕地保护：占用永久基本农田的，需符合国家允许的特殊情形（如育种育苗、简易型看护房等），且需补划同等数量质量的地块；
     
   • 恢复义务：使用期满后，经营者需按协议恢复耕地种植条件。
     若符合上述条件，可依法使用耕地，无需办理建设用地审批手续。

2. 未审批备案或违反规定的，需承担法律责任
   若设施农用地项目存在以下情形，可能涉及违法用地：

   • 未备案擅自占用耕地：需补办备案手续，若不符合规划或政策，可能被责令退还土地、恢复原状；
     
   • 超范围占用耕地：例如附属设施用地超过规定比例（一般不超过项目用地规模5%），超出部分需按建设用地管理，补办农用地转用审批手续；
     
   • 破坏耕地种植条件：如硬化地面、挖塘养鱼等，需限期整改，并可能面临罚款（《土地管理法》第七十五条）；
     
   • 占用永久基本农田且无合法手续：可能被认定为非法占地，需拆除设施、恢复耕地，并承担行政处罚甚至刑事责任（《刑法》第三百四十二条）。
     

3. 特殊情形：非农建设占用耕地的处理
   若设施农用地实际用于非农业建设（如建厂房、住宅等），无论是否备案，均属于违法用地，需按以下方式处理：

   • 责令退还土地：限期拆除地上建筑物，恢复耕地；
     
   • 罚款：按占用耕地面积处以罚款（《土地管理法实施条例》第五十七条）；
     
   • 刑事责任：若占用耕地面积达到刑事立案标准（如基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上），可能构成非法占用农用地罪。
     

建议：

• 若您计划使用设施农用地，务必提前咨询当地自然资源部门，确认项目是否符合政策，并依法办理备案手续；
  
• 若已占用耕地但未审批，建议尽快补办手续或整改，避免法律风险升级；
  
• 若涉及纠纷或行政处罚，可进一步向我说明具体情况，我会为您分析应对方案。