关于占用国有农用地的处理方式，这确实是一个需要严格依据法律法规来解答的问题。首先，我们要明确占用的性质，是合法占用还是非法占用，因为这两种情况的处理方式截然不同。
一、合法占用国有农用地
如果单位或个人是通过合法的出让、划拨等方式占用国有农用地，那么必须严格遵守以下规定：
土地用途：必须严格按照土地出让合同或划拨文件规定的用途使用土地。如果需要改变土地用途，必须先经过有关城市规划行政主管部门的同意，并报原批准用地的人民政府批准。
出让金缴纳：以出让方式取得国有土地使用权的，必须按合同约定支付土地使用权出让金。如果未按时支付，土地管理部门有权解除合同，并可请求违约赔偿。
开发期限与要求：应按照合同约定的开发期限和条件进行建设。如果超过约定动工开发日期满一年未动工开发的，将征收相当于土地使用权出让金百分之二十以下的土地闲置费；满二年未动工开发的，可无偿收回土地使用权（当然，因不可抗力或政府、政府有关部门的行为导致动工开发迟延的除外）。
二、非法占用国有农用地
对于未经过合法审批程序擅自占用国有农用地的情况，将面临严重的法律后果：
行政处罚：
行政处分：如果非法占用土地的行为涉及国家工作人员，还将依法给予相关责任人员行政处分。
刑事处罚：如果非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，可能触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑罚。
三、处理建议
对于已经发生的占用国有农用地情况，我建议采取以下措施进行纠正和处理：
了解占用情况：查明占用的土地性质、面积、位置等基本情况，以及占用的原因和背景。确认是否存在合法的土地使用手续或批准文件，及其是否齐全、有效。
及时沟通与合作：主动与当地自然资源主管部门（如土地管理部门）取得联系，说明情况并配合其调查、取证工作。
依法主动接受处理：如果占用行为违法，应主动接受行政处罚，并按要求恢复土地原状或补办相关手续。如果涉及刑事犯罪，应依法承担刑事责任。
完善土地使用手续：对于确实需要使用国有农用地的情况，应依法申请土地使用权，并办理相关手续。使用过程中，应严格遵守土地利用规划和土地使用条件，确保土地的合法、合规使用。
加强内部管理与法律意识：企业或组织应加强内部土地管理制度建设，明确土地使用责任和义务。定期自查土地使用情况，确保符合法律法规要求，提升法律意识，避免违法行为的发生。
总之，占用国有农用地是一个严肃的法律问题，必须依法依规进行处理。在处理过程中，应积极配合相关部门的调查与处理工作，同时增强自身的法律意识和内部管理，以确保土地的合法、合规使用，维护国家土地资源的正常秩序。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业的法律人士。