设施农用地改变用途是一个涉及法律责任和土地管理的重要问题。针对这一问题，我将从法律责任、处理流程以及典型案例三个方面进行详细解答。
一、法律责任
根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，擅自改变设施农用地用途，特别是将农用地转为建设用地或进行非农业建设，是违法行为。这种行为可能面临以下法律责任：
行政处罚：由县级以上人民政府土地行政主管部门没收违法所得，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。
行政处分：对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。
刑事责任：如果行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，将依法追究刑事责任。
二、处理流程
当发现设施农用地改变用途时，应按照以下流程进行处理：
立案调查：由土地行政主管部门或自然资源部门依法立案调查，收集证据，确认违法行为。
行政处罚告知：向违法当事人发出行政处罚告知书，告知其违法事实、处罚依据和拟作出的处罚决定。
听证与申辩：违法当事人有权申请听证，并在听证会上提出申辩意见。土地行政主管部门或自然资源部门将根据听证情况作出最终处罚决定。
执行处罚：违法当事人应自觉履行处罚决定，如拆除违法建筑、恢复土地原状、缴纳罚款等。如果违法当事人不履行处罚决定，土地行政主管部门或自然资源部门可以依法申请人民法院强制执行。
复耕与验收：违法当事人拆除违法建筑后，应进行复耕，恢复土地的生产功能。复耕完成后，需经土地行政主管部门或自然资源部门验收合格。
三、典型案例
以某园林公司擅自改变设施农用地用途破坏耕地案为例，该公司租赁耕地用于种植项目并申请办理了设施农业用地手续，但建成后违规将农业设施改变成非农业用途，并建设永久性建筑物，破坏了耕地面积。案发后，该公司主动拆除永久性建筑物，恢复耕地生产功能，但因其行为属于“大棚房”问题，性质恶劣，具有较大社会危害性，故仍被处以罚款。这一案例表明，即使违法当事人主动改正违法行为，但如果其行为性质恶劣、社会危害性大，仍可能面临行政处罚。
总结与建议
设施农用地改变用途是违法行为，可能面临严重的法律责任。因此，建议相关单位和个人在使用设施农用地时，应严格遵守土地管理法规，不得擅自改变土地用途。如果确实需要改变用途，应依法办理相关手续，确保合法合规。同时，土地行政主管部门和自然资源部门应加强监管力度，及时发现并制止违法行为，保护耕地资源不受侵害。