针对您提出的“设施农业用地占用基本农田怎么处理”的问题，这是一个涉及国家基本农田保护政策和农业用地管理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、基本农田的保护原则
基本农田是国家为了保障粮食安全和农业生产稳定而划定的特殊保护区域，原则上不允许用于非农业用途，包括设施农业用地。因此，任何占用基本农田的行为都必须严格遵守国家法律法规，确保合法合规。
二、设施农业用地占用基本农田的合法条件与流程
咨询政策：
- 在计划使用基本农田进行设施农业建设前，务必咨询当地的农业农村部门或自然资源部门，了解具体的政策规定和审批流程。
符合规模化与规划要求：
- 若设施农业项目符合规模化标准，且符合当地土地利用总体规划和农业发展规划要求，可通过办理设施农用地备案手续来合法使用土地。
- 具体流程包括：向乡镇人民政府或街道办事处提交备案申请及相关材料，如项目建设方案、土地利用现状图等；经现场勘查和审核后，进行公告公示；无异议的，予以备案，并将信息汇交至县级自然资源主管部门和农业农村主管部门。
申请审批（如不符合备案条件）：
- 若项目需占用基本农田且不符合直接备案的条件，则需按照相关规定提交申请，包括项目的详细介绍、用地需求、环保措施等。
- 相关部门将对项目进行评估和审查，以确定是否符合审批条件。
办理土地使用手续：
- 项目获得批准后，需按要求办理土地使用手续，如签订土地使用合同、缴纳相关费用等。
三、不合法占用基本农田的后果
面临处罚：
- 若未经批准擅自占用基本农田进行设施农业建设，将由自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，将按照《土地管理法》相关规定进行处罚，可能面临罚款等处罚措施。
拆除与复垦要求：
- 对于违反规定在基本农田上建设的设施，相关部门有权责令拆除，恢复土地原状。若拒不拆除，相关部门可依法强制拆除。
四、补救措施与建议
补办手续：
- 若设施农业项目具有一定的合理性和必要性，且符合当地农业发展规划，在符合条件的情况下，可向相关部门申请补办相关手续，尽量使项目合法化。
调整场地：
- 若无法补办手续，建议寻找符合规定的非基本农田土地来调整建设场地，确保项目的合法性。
增强法律意识：
- 在进行设施农业建设前，务必充分了解政策规定和审批流程，增强法律意识和社会责任感，避免违法行为的发生。
五、总结
设施农业用地占用基本农田是一个复杂且需谨慎处理的问题。养殖户或农业企业应充分了解政策规定，按照要求进行申请和审批，并在整个过程中保持高度的法律意识和社会责任感。同时，建议咨询专业法律人士或律师以确保行为的合法性和合规性。一旦项目结束或不再需要占用基本农田时，必须及时恢复土地原状并归还给农民进行农业生产。