针对您提出的“非法占用建设用地建厂房怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理和法律责任的严肃话题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律定性
非法占用建设用地（尤其是农用地）建厂房，是明确的违法行为。这种行为违反了《中华人民共和国土地管理法》中关于土地用途管制和农用地转用审批的规定，同时也可能触犯《中华人民共和国刑法》中关于非法占用农用地罪的相关条款。
二、法律责任
行政责任：
- 根据《土地管理法》，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
- 对于违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，会限期拆除新建建筑物，恢复土地原状；若符合规划，则没收新建建筑物，并可处以罚款。
- 罚款金额通常根据非法占用土地的面积和情节严重程度确定，可能达到每平方米数百元至千元不等。
刑事责任：
- 若非法占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上，且造成耕地种植条件严重毁坏或严重污染的，将构成非法占用农用地罪。
- 根据《刑法》第三百四十二条，此类行为可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
三、处理流程
- 立案调查：自然资源主管部门在接到举报或发现违法行为后，会进行立案调查，收集相关证据。
- 责令改正：向当事人下达责令改正通知书，要求其停止违法行为，限期拆除厂房，恢复土地原状。
- 行政处罚决定：若当事人未在规定期限内改正，自然资源主管部门会作出行政处罚决定，包括罚款、没收建筑物等。
- 申请强制执行：若当事人不履行行政处罚决定，自然资源主管部门可申请人民法院强制执行，相关费用由违法者承担。
- 刑事移送：对于达到刑事追诉标准的案件，自然资源主管部门会将案件移送公安机关，由公安机关立案侦查，检察机关提起公诉，最终由人民法院依法判决。
四、建议与预防
- 增强法律意识：任何单位或个人在进行建设活动前，务必了解并遵守相关法律法规，确保建设活动的合法性与合规性。
- 办理审批手续：若需占用土地进行建设，应依法办理农用地转用审批手续，确保土地用途的合法变更。
- 咨询专业机构：在涉及土地管理和建设活动时，建议咨询专业机构或律师，以获取准确的法律意见和指导。
综上所述，非法占用建设用地建厂房是严重的违法行为，将面临严厉的法律制裁。因此，我强烈建议您务必遵守相关法律法规，依法依规进行建设活动。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业机构或律师。