针对村里集体用地违规建设厂房的问题，处理措施需要依据具体的违法情形，并遵循相关法律法规进行。以下是对此问题的详细解答：
一、违法情形的识别
- 未经批准擅自建设：如果在没有依法取得用地审批手续的情况下就开始建设厂房，这属于违法行为。
- 超出批准范围使用：实际占地面积超过了合法批准的用地面积，也是违规建设的一种。
- 改变用途使用：将原本用于农业或其他特定用途的集体建设用地，擅自改变为工业用途（如建设厂房），同样违反了土地管理法规。
- 非法转让、出租：未经法定程序，擅自将集体建设用地使用权进行转让或出租，也是违法的。
二、法律依据
主要依据的是《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例。其中，第七十七条明确规定了对未经批准或采取欺骗手段骗取批准的非法占地行为的处罚措施，包括责令退还土地、限期拆除建筑物、没收新建建筑物以及可能的罚款等。
三、具体处理措施
1. 行政处罚阶段
- 立案调查：自然资源主管部门在发现或接到举报后，会启动执法程序，收集相关证据材料。
- 责令改正：对正在实施的违法行为，会立即制止，并下达《责令停止违法行为通知书》，要求当事人限期拆除非法建筑物，恢复土地原状。
- 作出处罚决定：根据违法行为的性质和严重程度，会作出不同的处罚决定。如果符合土地利用总体规划，可能会没收新建的建筑物和其他设施；如果不符合规划，则会限期拆除并恢复原貌，逾期不履行的，由行政机关代履行，并可能处以罚款。
2. 强制执行阶段
- 催告程序：在处罚决定书送达后，如果当事人未按期履行义务，行政机关会发出《履行行政处罚决定催告书》，告知其陈述申辩权利。
- 申请强制执行：如果经催告后当事人仍不履行，行政机关会向法院申请强制执行。法院裁定准予执行的，由属地政府组织实施拆除工作。
3. 后续监管与长效机制
- 完善用地手续：对于历史形成的违法用地，如果符合补办条件，可以通过集体经营性建设用地入市等方式完善手续。
- 加强监管：通过网格化巡查和卫星遥感监测技术等方式，实现对土地使用的动态监管。
- 普法宣传：加强普法宣传，提升基层干部和群众的法律意识，预防类似违法行为的再次发生。
- 严肃责任追究：对监管不力导致违法现象蔓延的部门和个人，将依法依纪追究失职渎职责任。
综上所述，处理村里集体用地违规建设厂房的问题需要综合考虑多种因素，并严格遵循相关法律法规进行。通过立案调查、责令改正、作出处罚决定以及后续的监管和长效机制等措施，可以有效遏制和纠正这类违法行为。