针对您提出的“非法占用土地盖厂房怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理和法律责任的严肃话题。以下是我为您详细梳理的处理流程和相关法律依据：

一、处理流程

1. 调查核实：

   • 当自然资源主管部门（如国土资源局）发现或接到关于非法占用土地建厂房的举报后，会立即启动调查程序。
   • 调查内容包括现场勘查、查阅相关土地资料、询问相关人员等，以核实占用土地的具体情况，如面积、位置、建设情况以及是否办理了合法的审批手续。

2. 下达责令停止通知书：

   • 一旦确认存在非法占用土地建厂房的行为，自然资源主管部门会下达《责令停止违法行为通知书》，要求立即停止建设活动。

3. 限期拆除与恢复土地原状：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，自然资源主管部门会责令违法者在限期内拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
   • 若逾期不拆除，相关部门将依法申请人民法院强制执行，并由违法者承担强制执行费用。

4. 罚款处罚：

   • 除了责令拆除外，自然资源主管部门还会根据非法占用土地的面积和情节严重程度，对违法者处以罚款。
   • 罚款金额通常为每平方米100元至1000元不等，具体数额由相关部门根据实际情况确定。

5. 没收违法所得与建筑物（如适用）：

   • 对于符合土地利用总体规划的非法建筑物和其他设施，相关部门可以予以没收，并可并处罚款。
   • 同时，如果违法占地行为产生了非法所得，也将被依法没收。

6. 刑事责任追究（如构成犯罪）：

   • 若非法占用土地的行为达到一定程度，如非法占用基本农田5亩以上或其他耕地10亩以上，且造成土地大量毁坏，将可能构成非法占用农用地罪。
   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，违法者将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。

二、预防与建议

1. 增强法律意识：

   • 任何单位或个人在进行建设活动前，都应了解并遵守相关法律法规，特别是土地管理方面的规定。

2. 办理审批手续：

   • 确保建设活动合法合规的关键是办理必要的审批手续。在占用土地进行建设前，应向相关部门申请并获得建设用地批准书或其他合法证明文件。

3. 主动接受监管：

   • 在建设过程中，应主动接受自然资源主管部门的监管和检查，确保建设活动符合法律法规和规划要求。

4. 及时整改与补救：

   • 如果发现存在非法占用土地的行为，应立即停止违法行为，并主动与相关部门沟通，寻求整改和补救的措施。

综上所述，非法占用土地盖厂房是一种严重的违法行为，将面临严厉的法律制裁。因此，我强烈建议您遵守相关法律法规，不要进行非法占用土地的行为。如果您有建设工厂或其他设施的需求，应按照法定程序申请建设用地，并获得相关部门的批准和许可。