针对您提出的“农村厂里非法占地怎么办”的问题，这是一个涉及法律法规的严肃议题，必须依法予以处理。以下是我为您详细梳理的处理流程和相关法律依据：
一、确认非法占地行为
首先，需要明确的是，未经批准或采取欺骗手段骗取批准，擅自占用农村土地（包括耕地）建厂，是明确的违法行为。这种行为违反了《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，必须受到法律的制裁。
二、处理流程
调查核实：
- 当自然资源主管部门发现或接到关于非法占地的举报后，会立即展开调查。调查方式包括现场勘查、资料查阅和询问相关人员等，以核实占用土地的具体情况，如面积、位置、建设情况及是否办理合法审批手续。
行政处罚：
- 一旦确认非法占地行为，自然资源主管部门将依据《土地管理法》等相关法律法规，对违法者进行行政处罚。处罚措施包括：
- 责令退还非法占用的土地，恢复土地权属状态。
- 限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，若符合土地利用规划则可能没收。
- 处以罚款，罚款标准为每平方米100元至1000元。
行政处分：
- 如果非法占地行为涉及农村基层政府或相关部门工作人员违法违规批地，将依据情节轻重给予相应的行政处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职直至开除。
刑事处罚：
- 当非法占地行为情节严重，触犯《刑法》第三百四十二条时，将追究刑事责任。具体情形包括非法占用耕地、林地等农用地，改变土地用途，数量较大或造成农用地大量毁坏。触犯此罪者，将面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金的刑罚。
民事赔偿：
- 非法占地行为造成土地所有者或使用者经济损失的，受害者可通过民事诉讼要求违法者承担民事赔偿责任，包括直接损失和间接损失。
土地复垦：
- 非法占地行为结束后，违法者有责任对被破坏的土地进行复垦，使其恢复到可供利用的状态。复垦标准需符合相关法律法规和管理部门规定。若违法者拒不履行复垦义务，土地管理部门可代为组织复垦，费用由违法者承担。
三、建议与预防
合法用地：
- 强烈建议遵守相关法律法规，不要占用农村耕地或其他未经批准的土地建厂。如需建设工厂或其他设施，应按照法定程序申请建设用地，并获得相关部门的批准和许可。
加强监管：
- 政府应加强对土地的管理和监管力度，确保土地的合法使用和保护。同时，加强宣传教育，提高公众的法律意识，预防非法占地行为的发生。
及时举报：
- 公众发现非法占地行为时，应及时向自然资源主管部门举报，以便及时调查处理，维护土地资源的合法使用和保护。
综上所述，农村厂里非法占地是严重的违法行为，必须依法予以处理。希望您能遵守相关法律法规，确保土地使用合法合规。如果您或您身边的人存在此类问题，建议立即停止违法行为，并主动接受相关部门的处理。