针对您提出的“非法占用私人耕地建厂房怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理法规的严重违法行为，必须依法进行严肃处理。以下是我为您详细梳理的处理流程和法律责任：
一、违法行为确认与调查核实
一旦发现或接到举报有非法占用私人耕地建厂房的情况，自然资源主管部门会立即展开调查。这包括现场勘查、资料查阅以及询问相关人员，以核实占用耕地的具体情况，如面积、位置、建设情况以及是否办理了合法的审批手续。
二、行政处理措施
责令停止与限期拆除：
- 确认违法后，自然资源主管部门会下达《责令停止违法行为通知书》，要求立即停止建设活动。
- 同时，依据《土地管理法》的相关规定，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
罚款处罚：
- 对非法占用土地的单位和个人，将处以每平方米100元以上1000元以下的罚款，具体数额根据违法情节的严重程度来确定。
- 对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，也会依法给予相应的处分。
恢复种植条件与土地复垦：
- 被破坏的耕地需要按照相关标准进行复垦，以恢复其种植条件。
- 复垦义务人应编制土地复垦方案，并按照规定执行。若未履行复垦义务，将面临限期改正、缴纳复垦费以及可能的罚款。
责令退还非法占用的土地：
- 违法者需将非法占用的耕地交还给合法的所有者或使用者，如农村集体经济组织或原承包农户。
三、刑事处罚
- 非法占用农用地罪：
- 如果非法占用耕地的数量较大，且造成了耕地的大量毁坏，那么可能触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪。
- 根据该条款，违反土地管理法规，非法占用耕地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大且造成严重后果的，将处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
四、民事赔偿责任
- 如果占用耕地建厂房的行为导致了他人的损失，如影响了相邻耕地的灌溉、排水，或者破坏了土地承包关系，那么违法者还需要承担相应的民事赔偿责任。受损方可以通过协商、调解或者诉讼等方式来要求赔偿。
五、预防与建议
- 在进行任何建设活动之前，务必了解清楚土地的性质和用途，确保建设项目符合土地利用规划和法律法规的要求。
- 依法办理相关的审批手续，避免因为违法行为而带来的法律纠纷和经济损失。
六、举报与监督
- 任何单位和个人如果发现有人非法占用私人耕地建厂房，都可以向当地的自然资源主管部门或者农业农村主管部门进行举报。相关部门会依法进行调查处理，并保护举报人的合法权益。
综上所述，非法占用私人耕地建厂房是严重的违法行为，不仅会面临行政处罚和刑事责任，还可能需要承担民事赔偿责任。因此，我强烈建议您遵守相关的法律法规，不要进行任何非法的土地占用和建设活动。如果您有任何疑问或者需要进一步的帮助，请随时咨询相关的法律专业人士或者政府部门。