占用耕地建厂房是明确违反《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规的严重行为，必须立即停止并接受相应的法律处理。以下是对此问题的详细解答：
一、违法性质与法律责任
占用耕地建厂房属于非法占用农用地行为，违反了土地用途管制制度，将依法承担行政责任、刑事责任，并可能涉及民事赔偿责任。
二、行政处理措施
责令限期改正或治理：
- 县级以上人民政府自然资源主管部门会责令违法者限期拆除在耕地上建造的厂房，并恢复耕地至可耕种状态。
责令退还非法占用的土地：
- 违法者需将非法占用的耕地交还给合法的所有者或使用者，如农村集体经济组织或原承包农户。
没收或拆除建筑物：
- 若违反土地利用总体规划，擅自将农用地改为建设用地，将限期拆除新建建筑物，恢复土地原状。
- 若符合土地利用总体规划但未经批准，则没收新建建筑物，并可并处罚款。
罚款：
- 对非法占用土地的行为，可并处每平方米100元至1000元的罚款，具体数额依据违法情节确定。
三、刑事处罚
- 非法占用农用地罪：
- 根据《刑法》第三百四十二条，若非法占用耕地等农用地，改变用途且数量较大（通常指非法占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上），造成大量毁坏（包括种植条件严重毁坏或严重污染），将处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。
四、民事赔偿责任
- 若占用耕地建厂房导致他人损失，如影响相邻耕地灌溉、排水或破坏土地承包关系，违法者需承担民事赔偿责任。受损方可通过协商、调解或诉讼等方式要求赔偿。
五、处理程序与建议
调查核实：
- 自然资源主管部门在发现或接到举报后，会立即展开调查，核实占用耕地的具体情况。
合法建议：
- 在建设前，务必了解土地的性质和用途，确保建设项目符合土地利用规划和法律法规要求。
- 依法办理审批手续，避免违法行为带来的法律纠纷和经济损失。
- 对于已存在的违法情况，应立即停止违法行为，并主动接受相关部门的处理，包括拆除违法建筑、恢复耕地原状等。
六、举报与监督
- 任何单位和个人发现占用耕地建厂房的违法行为，均可向当地自然资源主管部门或农业农村主管部门举报，由相关部门依法调查处理。
综上所述，占用耕地建厂房是严重的违法行为，不仅面临行政处罚和刑事责任，还可能承担民事赔偿责任。因此，我强烈建议各建设单位和个人严格遵守土地管理法规，确保土地资源的合法合规使用。如需建设工厂或其他设施，应按照法定程序申请建设用地，并获得相关部门的批准和许可。