占用林地建厂房是一个涉及土地管理和规划等多个方面的复杂问题，需要依法依规进行处理。以下是对此问题的详细解答：
一、明确法律规定
林地保护：
- 林地作为自然资源的重要组成部分，受到法律的严格保护。未经批准，任何单位和个人不得擅自占用或改变林地的用途。
土地用途管制：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地实行用途管制制度。将林地转为建设用地，必须依法办理相关审批手续。
二、具体处理方式
核实土地性质与规划：
- 首先，需确认所占用的林地是否属于规划中的建设用地或可转为建设用地的范围。这通常需要通过查询当地土地利用总体规划图或咨询自然资源部门来核实。
申请合法手续：
- 若林地符合规划条件且可转为建设用地，应依法向县级以上政府自然资源主管部门提交申请，包括项目立项文件、选址意见书、环境影响评价报告等材料，经批准后方可实施建设。
拆除与复垦（若违法）：
- 对于未取得审批手续擅自占用林地建厂的情况，由县级以上政府自然资源主管部门责令限期拆除违法建筑，并恢复林地原状。逾期不履行的，将依法强制拆除并处以罚款。
补办手续（特殊情形）：
- 对于某些特殊情形下的存量违法建筑，若符合国土空间规划且已落实处罚措施，可按程序补办用地手续。但不符合规划的必须拆除，地方政府可根据实际情况制定分阶段整改方案。
追究法律责任：
- 非法占地行为不仅面临行政处罚（如罚款、拆除等），还可能触及刑事责任。对于构成犯罪的，将依法追究刑事责任。
三、注意事项与建议
提前规划与咨询：
- 在项目启动前，务必向自然资源部门咨询土地性质和规划要求，确保用地合法性。同时，了解相关政策和法规，避免因信息不对称导致违法行为。
关注政策动态：
- 及时跟踪最新土地管理法规和政策调整，如林地保护、土地用途管制等方面的新规定，确保项目符合政策要求。
专业机构介入：
- 建议委托具有资质的测绘单位和法律顾问参与项目前期工作，进行用地合法性审查和风险评估，确保项目顺利推进。
综上所述，占用林地建厂房必须依法依规进行。在项目启动前，应充分了解相关法律规定和政策要求，并咨询专业机构以确保用地合法性。对于已存在的违法情况，应立即停止违法行为并主动接受相关部门的处理。