针对您提出的“厂房一半占用耕地怎么办”的问题，这确实是一个涉及土地管理和规划的重要事项，需要依法依规来处理。以下是我为您详细梳理的处理步骤和相关法律依据：
一、核实土地性质
首先，您需要确认所占用的耕地是否为永久基本农田。这一点非常关键，因为永久基本农田受到更为严格的保护。您可以通过查询当地土地利用总体规划图，或者直接咨询当地的自然资源部门来获取准确信息。
二、根据土地性质采取相应措施
如果占用的是永久基本农田：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第三十五条，永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途。
- 如果您的厂房确实占用了永久基本农田，且没有获得国务院的批准，那么这将构成违法行为。您需要立即停止建设，并考虑拆除或迁移厂房，以恢复耕地的原状。
如果占用的是非永久基本农田的一般耕地：
- 对于非永久基本农田的一般耕地，如果建设占用土地涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。
- 您需要向县级以上政府自然资源主管部门提交项目立项文件、选址意见书等材料，申请农用地转用审批。只有获得批准后，您才能继续建设厂房。
三、处理已建成的违法厂房
- 如果您的厂房已经建成，但未经批准占用了耕地，那么根据相关法律法规，县级以上政府自然资源主管部门有权责令您限期拆除厂房，并恢复耕种条件。
- 如果您逾期不履行拆除和恢复义务，相关部门将依法强制拆除，并可能对您处以罚款。
四、特殊情形的处理
- 如果您的厂房属于符合国土空间规划的存量违法建筑，且在落实处罚后，您可以按程序补办用地手续。
- 但如果厂房不符合规划要求，那么您必须拆除厂房。不过，地方政府可能会根据实际情况制定分阶段整改方案，您可以关注并咨询相关政策。
五、法律责任与后果
- 非法占地行为可能面临行政处罚，包括罚款等。对单位处每平方米100-1000元罚款，对个人处每平方米10-100元罚款。
- 如果非法占地行为构成犯罪，您还将依法追究刑事责任。
六、建议与注意事项
- 提前规划与咨询：在项目启动前，务必向自然资源部门咨询土地性质和规划要求，避免因信息不对称导致违法行为。
- 关注政策动态：及时跟踪最新的土地管理法规和政策调整，以便及时调整您的项目计划。
- 专业机构介入：考虑委托具有资质的测绘单位和法律顾问参与项目前期工作，确保用地合法性审查到位。
综上所述，处理厂房占用耕地的问题需要您根据土地性质采取相应措施，并严格遵守相关法律法规。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，建议及时咨询当地的自然资源部门或法律专业人士。