针对您提出的“非法占用非耕地建设厂房怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律法规的严肃话题。首先，需要明确的是，无论占用的是耕地还是非耕地，未经批准擅自改变土地用途进行建设都是违法行为，需要承担相应的法律责任。
一、法律法规依据
《中华人民共和国土地管理法》：
- 该法明确规定了土地用途管制制度，严格限制农用地（虽然您提到的是非耕地，但此法同样适用于所有土地类型）转为建设用地。
- 未经批准，任何单位和个人不得擅自改变土地用途，包括将非耕地用于建设厂房。
《中华人民共和国刑法》：
- 如果非法占用土地的行为达到一定严重程度，如数量较大或造成土地严重毁坏，可能构成非法占用农用地罪（尽管您提到的是非耕地，但类似原则同样适用，具体需看土地性质和毁坏程度），面临刑事处罚。
二、处理流程与法律责任
调查核实：
- 自然资源主管部门在发现或接到举报后，会立即展开调查，核实占用土地的具体情况，包括面积、位置、建设情况及是否办理合法审批手续。
责令停止与限期改正：
- 一旦确认违法，自然资源主管部门将下达《责令停止违法行为通知书》，要求立即停止建设，并限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
罚款处罚：
- 根据《土地管理法》及其实施条例，对非法占用土地的单位和个人，将处以罚款。罚款的具体数额会根据非法占用的土地面积、性质及造成的后果等因素确定。
恢复土地原状或复垦：
- 被破坏的土地需按照相关标准进行复垦或恢复原状，以确保土地资源的可持续利用。
刑事责任追究：
- 如果非法占用土地的行为构成犯罪，如非法占用农用地罪（在特定情况下，非耕地也可能涉及），将依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、拘役或罚金等处罚。
三、建议与措施
遵守法律法规：
- 在进行任何建设活动前，务必依法办理相关审批手续，确保土地用途的合法性和合规性。
主动接受处理：
- 如果已经存在非法占用土地建设厂房的行为，应立即停止违法行为，并主动接受相关部门的处理，以减轻法律责任。
寻求合法途径：
- 如需建设工厂或其他设施，应按照法定程序申请建设用地，并获得相关部门的批准和许可。
综上所述，非法占用非耕地建设厂房是违法行为，需要承担相应的法律责任。为了保护土地资源和生态环境，维护法律法规的严肃性，建议您务必遵守相关法律法规，依法依规进行建设活动。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业律师。