非法占用他人厂房属于侵权行为，需承担停止侵害、赔偿损失等法律责任，具体处理方式及损失赔偿需根据实际情况分情况讨论：

1. 非法占用行为的定性及处理
   根据《民法典》第236条，非法占用他人不动产（包括厂房）的，权利人可要求占有人返还原物。若占有人拒不返还，权利人可通过以下途径解决：

   • 协商解决：直接与占用人沟通，要求其限期搬离并恢复厂房原状。
     
   • 行政投诉：向当地公安机关报案，或向城管、自然资源等部门举报非法占用行为（若涉及违规搭建等）。
     
   • 民事诉讼：向法院提起返还原物纠纷或排除妨害纠纷之诉，要求占用人停止侵害、返还厂房，并赔偿损失。
     

2. 损失赔偿的范围及计算
   占用人需赔偿权利人因非法占用导致的直接损失和间接损失，具体包括：

   • 直接损失：
     
     • 厂房被占用期间的租金损失（按市场价或合同约定计算）；
       
     • 厂房内设备、原材料等财产被损坏或侵占的赔偿；
       
     • 为恢复厂房原状产生的合理费用（如清理、维修费用）。
       
   • 间接损失：
     
     • 因厂房被占用导致生产停滞、订单违约等产生的经营损失（需举证证明因果关系及金额）；
       
     • 权利人为维权产生的合理费用（如律师费、诉讼费、鉴定费等，部分法院可能支持）。
       

3. 特殊情形处理

   • 若占用人主张合法依据（如租赁合同、买卖合同等）：需审查合同效力。若合同无效或被撤销（如恶意串通、无权处分），占用人仍需返还厂房并赔偿损失。
     
   • 若占用人拒不执行法院判决：权利人可申请法院强制执行，法院可采取查封、扣押、拍卖等措施，并可能对占用人处以罚款、拘留等处罚。
     

建议行动步骤：

1. 收集证据（如房产证、占用现场照片、沟通记录等）；
   
2. 发送律师函警告占用人限期搬离；
   
3. 若协商无果，尽快起诉并申请财产保全；
   
4. 同步向公安机关报案（若涉嫌刑事犯罪，如破坏生产经营罪）。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。