自家厂房被占用是违法的，您可以通过以下途径来处理这一问题：
一、法律背景与依据
物权保护原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利，包括所有权、用益物权和担保物权。厂房作为您的财产，其所有权受法律保护，任何未经您同意的占用行为都构成侵权。
侵权责任：
- 占用您厂房的行为，侵犯了您的物权，您有权要求占用人停止侵害、排除妨碍、返还财产，并可以要求赔偿损失。
二、处理途径与建议
协商解决：
- 尝试沟通：首先，您可以尝试与占用人进行友好沟通，了解其占用的原因和目的，看是否能够通过协商达成一致，让其主动退出并恢复原状。
- 签订协议：如果协商成功，建议签订书面协议，明确双方的权利和义务，以及退出和恢复原状的时间表，以避免后续纠纷。
行政投诉：
- 向相关部门投诉：如果协商无果，您可以向当地的土地管理部门、城乡规划部门或城市管理执法部门投诉，要求他们介入调查并处理占用行为。
- 提供证据：在投诉时，提供厂房的产权证明、占用前后的照片或视频等证据，以支持您的主张。
法律诉讼：
- 提起民事诉讼：如果行政投诉未能解决问题，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求占用人停止侵害、排除妨碍、返还财产，并赔偿损失。
- 准备证据：在诉讼过程中，您需要准备充分的证据来证明您的所有权和占用人侵权的事实，如产权证明、占用证据、损失评估报告等。
- 申请财产保全：如果担心占用人可能转移或毁损财产，您可以向法院申请财产保全，以确保判决能够得到有效执行。
刑事报案（如适用）：
- 考虑刑事责任：如果占用行为涉及故意毁坏财物、非法侵入住宅等犯罪行为，您可以向公安机关报案，要求追究占用人的刑事责任。
- 配合调查：在报案后，积极配合公安机关的调查工作，提供必要的证据和信息。
三、注意事项与风险提示
保持冷静与理性：
- 在处理占用问题时，保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语冲突，以免激化矛盾或引发不必要的法律纠纷。
及时收集证据：
- 无论采取哪种处理途径，都要及时收集并保存相关证据，如产权证明、占用证据、沟通记录等，以支持您的主张。
咨询专业律师：
- 在处理复杂或涉及较大利益的占用问题时，建议咨询专业律师的意见和帮助，以确保您的权益得到充分保护。不过，作为张学鹰律师，我已经在这里为您提供法律支持，您可以直接向我咨询相关问题。
关注法律程序与期限：
- 如果选择法律诉讼途径，要关注法律程序和期限要求，如起诉时效、答辩期限等，以免错过维权时机。
综上所述，自家厂房被占用是违法的，您可以通过协商、行政投诉、法律诉讼或刑事报案等途径来处理这一问题。在处理过程中，要保持冷静与理性，及时收集证据，并咨询专业律师的意见和帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。