核心结论：在村里工业用地上建设厂房，需根据土地性质、规划许可、建设审批等具体情况判断合法性，并采取相应处理措施。以下分情况说明：
1. 若土地性质为合法工业用地，且已取得规划许可和建设审批
- 合法性：根据《土地管理法》和《城乡规划法》，工业用地需经依法批准并取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证后，方可进行建设。若厂房建设符合土地用途、规划条件和审批要求，则属于合法建设。
- 处理方式：无需拆除或整改，但需确保后续使用符合审批用途（如生产、仓储等），不得擅自改变土地用途或扩建。
2. 若土地性质为工业用地，但未取得规划许可或建设审批
- 违法性：未取得规划许可或施工许可擅自建设厂房，属于违法建设行为，可能面临行政处罚（如责令停止建设、限期拆除、罚款等）。
- 处理方式：
- 补办手续：若符合规划条件，可向当地自然资源部门申请补办建设工程规划许可证和施工许可证，完善合法手续。
- 限期整改：若不符合规划条件（如超占土地、超高超层等），需按要求整改至符合标准。
- 强制拆除：若无法整改或严重违反规划，可能被责令限期拆除，逾期不拆的由相关部门强制执行。
3. 若土地性质实际为农业用地或集体建设用地，但被违规用于工业建设
- 违法性：根据《土地管理法》，农业用地（如耕地、林地）需经依法转用审批方可变为工业用地；集体建设用地用于工业也需符合乡镇土地利用总体规划。未经批准擅自改变土地用途，属于非法占地行为。
- 处理方式：
- 恢复原状：若厂房占用耕地、基本农田等，需拆除并恢复土地原状，可能面临高额罚款。
- 转用审批：若符合土地利用总体规划，可申请将农业用地转为建设用地，但需经省级政府或国务院批准，并补缴土地出让金等费用。
- 责任追究：非法占地行为可能涉及刑事责任（如非法占用农用地罪），需承担法律后果。
4. 若厂房建设涉及环保、安全等合规问题
- 合规性：即使土地和建设手续合法，厂房仍需符合环保、消防、安全等要求（如排污许可、消防验收、安全生产标准等）。
- 处理方式：需向环保、应急管理等部门申请相关许可或验收，未通过的需整改至达标，否则可能面临停产整顿、罚款等处罚。
建议行动步骤
- 核查土地性质：通过当地自然资源部门查询土地用途、规划条件及审批文件。
- 确认建设手续：检查是否取得建设工程规划许可证、施工许可证等。
- 评估合规风险：结合环保、安全等要求，全面排查潜在违法点。
- 咨询专业意见：根据具体情况，制定补办手续、整改或拆除方案。
如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细解答。