占用几十平方米基本农田建厂房属于违法行为，必须立即停止并采取补救措施，否则将面临行政处罚甚至刑事责任。以下是具体分析：

1. 法律定性：违反《土地管理法》及《基本农田保护条例》

• 根据《土地管理法》第三十五条及《基本农田保护条例》第十七条，基本农田是受严格保护的耕地，未经批准不得改变用途或占用。建厂房属于非农建设，直接违反上述规定。
• 即使占用面积较小（如几十平方米），法律对基本农田的保护无“面积豁免”条款，任何占用行为均属违法。

2. 法律后果：行政处罚与刑事责任风险

• 行政处罚：根据《土地管理法》第七十七条，自然资源主管部门可责令限期改正（拆除建筑物、恢复原状），并处罚款（每平方米100元至1000元）。若未按时整改，可能面临更高额罚款或强制执行。
• 刑事责任：若占用基本农田面积较大（如达到5亩以上）或造成严重后果，可能触犯《刑法》第三百四十二条“非法占用农用地罪”，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

3. 补救措施：立即停止并主动整改

• 第一步：停止建设：立即停止厂房施工，避免扩大违法后果。
• 第二步：拆除复垦：自行拆除违法建筑，将土地恢复为可耕种状态，减少行政处罚风险。
• 第三步：申请补办手续（如适用）：若厂房建设有合法需求（如地方产业政策支持），需向县级以上人民政府自然资源主管部门申请调整土地规划，将基本农田调整为建设用地，但此过程需严格依法审批，成功率较低。

4. 特殊情形：是否可能免责？

• 无免责事由：法律未规定“少量占用”可免责，即使未造成实际损害，违法事实仍成立。
• 例外情形：若占用行为符合地方临时用地政策（如抢险救灾），需经省级人民政府批准，但此类情形极少适用于厂房建设。

5. 建议行动方案

• 立即自查：确认土地性质（可通过当地自然资源局查询土地利用总体规划图）。
• 主动报告：向当地自然资源部门说明情况，争取从轻处理（如首次违法、主动整改）。
• 法律咨询：若涉及复杂情节（如历史遗留问题、政府招商引资项目），需进一步分析法律风险，制定应对策略。

总结：占用基本农田建厂房无合法空间，必须立即整改。若已面临行政调查或处罚，建议携带相关材料（如土地权属证明、建设合同等）进一步咨询，我将结合具体情节提供法律意见。