针对您提出的“发现村民在基本农田建厂房怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理和法律责任的严肃话题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律定性
根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，基本农田是受到法律严格保护的，任何单位和个人都不得擅自占用或改变其用途进行非农建设，包括建厂房。因此，村民在基本农田上建厂房的行为是违法的。
二、具体处理方式
责令限期拆除：
- 相关部门，如自然资源部门或农业农村部门，在发现此类违法行为后，会依法进行调查核实。
- 一旦确认违法，会下达《责令停止违法行为通知书》和《责令限期拆除通知书》，要求村民在规定期限内自行拆除违法建筑，并恢复土地原状。
强制拆除与罚款：
- 如果村民逾期未拆除违法建筑，相关部门将依法组织强制拆除，所需费用由违法者承担。
- 同时，根据违法情节的轻重，相关部门还会处以罚款，罚款金额会根据具体情况而定，但通常不会低于一定的标准。
刑事责任追究：
- 在执法过程中，如果遭遇暴力抗法等严重情形，可能构成妨害公务罪等刑事犯罪。
- 违法者将需要承担相应的刑事责任，这可能包括有期徒刑、罚金等。
其他法律责任：
- 如果涉及非法转让、倒卖土地使用权等行为，相关部门除了没收违法所得外，还可能并处违法所得50%以下的罚款。
- 如果构成犯罪，将依法追究刑事责任。
三、后续影响与建议
经济损失风险：
- 违法建筑被拆除后，村民将无法获得任何补偿，已投入的建设成本将全部损失。
- 因此，在决定建厂房前，村民应充分了解相关法律法规，避免盲目投资。
合法建房途径：
- 如果村民确实需要建厂房，应依法申请建设用地使用权，通过正规审批程序获取建设用地。
- 可以向当地村委会或自然资源部门咨询用地政策，了解合法建房的途径和要求。
政策咨询与合规意识：
- 村民应增强合规意识，了解并遵守相关法律法规和政策要求。
- 在进行任何建设活动前，都应提前咨询相关部门，确保自己的行为合法合规。
综上所述，发现村民在基本农田建厂房是违法的行为，相关部门将依法进行处理。为了避免不必要的法律风险和经济损失，村民应增强合规意识，遵守相关法律法规和政策要求。如果您或他人发现此类违法行为，可以向相关部门举报，共同维护土地资源的合理利用和保护。