针对村干部在基本农田建房的问题，这是一个涉及违法占用耕地、违反国家土地管理政策的严重行为。以下是我为您提供的详细解答：
一、基本农田的保护政策
基本农田是国家为确保农业生产所需土地而划定的最低保障线，受到严格的法律保护。根据国家政策，基本农田只能用于农事耕作和农业生产，严禁用于建设或其他非农化事项。对于乱占耕地建房，国家实行“零容忍”政策，特别是针对永久基本农田，更是严禁任何形式的占用和破坏。
二、村干部在基本农田建房的处理方式
立即停止施工：一旦发现村干部在基本农田建房，应立即责令其停止施工，防止违法行为进一步扩大。
下达整改通知：相关部门应依法下达《责令停止违法行为通知书》和《限期整改通知书》，明确告知其占用永久基本农田建房的法律后果，要求其立即停止施工并限期拆除违法建筑、恢复土地原貌。
联合执法行动：若当事人拒不执行整改通知，相关部门应联合公安、医院及属地村委会等，依法开展联合制止行动，以雷霆手段捍卫耕地保护红线。这包括现场勘验、调取土地利用总体规划图、永久基本农田划定成果及卫星遥感影像资料等，精确锁定违法建筑侵占基本农田的具体范围和面积。
强制拆除与恢复：对于拒不整改的违法建筑，应依法进行强制拆除，并恢复土地原貌。同时，对当事人进行法律教育和处罚，以儆效尤。
三、后续监管与预防措施
加强日常巡查：相关部门应加强对基本农田的日常巡查力度，及时发现并制止违法占用耕地行为。
完善举报机制：鼓励群众积极参与耕地保护，完善举报机制，对举报属实的给予奖励，形成全社会共同监督的良好氛围。
加大宣传力度：通过多种渠道和方式，加大土地管理法律法规的宣传力度，提高群众的法律意识和耕地保护意识。
严格审批程序：对于村民确需建房的情况，应严格按照“先审批、后建设”的原则进行审批，确保建房行为符合土地利用总体规划和村庄规划，不占用永久基本农田。
四、对村干部的特别提醒
作为村干部，更应严格遵守国家土地管理政策，以身作则，不参与任何违法占用耕地的行为。若发现村干部有此类行为，将依法依规从严查处，并追究相关责任。
综上所述，村干部在基本农田建房是严重的违法行为，必须立即停止并接受整改。相关部门应加强监管和执法力度，确保耕地保护红线不被突破。同时，也应加强宣传和教育力度，提高群众的法律意识和耕地保护意识。