在基本农田上建房属于违法行为，相关部门将依法进行严肃处理。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、违法性质与法律后果

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，基本农田受到严格保护，禁止任何单位和个人占用或改变其用途进行非农建设，如建窑、建房、建坟等。农民未经批准擅自建房的行为，直接违反了这一法律规定，不仅破坏了基本农田的种植条件，还可能面临严厉的法律制裁和行政处罚。

二、具体处理方式

1. 责令停止建设与限期拆除：

   • 一旦发现有人在基本农田上建房，相关部门（如自然资源部门）会立即责令停止施工，以避免违法建设进一步扩大。
   • 随后，行政机关会根据《土地管理法》的规定，要求当事人在规定的期限内自行拆除违法建筑，并恢复土地原状。这是处理此类违法行为的首要步骤，也是恢复基本农田种植功能的关键措施。

2. 恢复土地原状与罚款：

   • 拆除房屋后，当事人需按照要求对被破坏的基本农田进行整治，包括平整土地、改良土壤等，以确保其基本种植功能得以恢复。
   • 同时，自然资源主管部门有权根据具体情况对违法建房者处以罚款。罚款金额通常依据违法情节的严重程度和占地面积等因素确定，具体数额需由相关部门根据实际情况裁定。

3. 刑事责任追究：

   • 如果非法占用基本农田的行为情节严重，达到《刑法》规定的标准，建房者还可能被追究刑事责任。根据相关法律解释，非法占用基本农田五亩以上或造成基本农田五亩以上种植条件严重毁坏，即属于“数量较大”和“造成耕地大量毁坏”，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。

三、后续影响与建议

1. 经济损失风险：

   • 违法建筑被拆除后无法获得补偿，已投入的建设成本将全部损失。因此，建议农民在建设前务必了解相关法律法规和政策要求，避免因违法建设而遭受经济损失。

2. 合法建房途径：

   • 确需建房的农民应依法申请宅基地，通过正规审批程序获取建设用地使用权。在申请过程中，需提供相关证明材料并遵守审批流程，以确保建房行为的合法性。

3. 政策咨询与沟通：

   • 面对此类问题，建房者应主动与当地自然资源、农业农村等部门沟通，说明情况并寻求解决方案。这些部门可能会提供关于如何合法化建筑、调整土地利用规划或进行土地置换的建议。在某些情况下，申请土地调整或置换可能是一个可行的解决途径。

4. 法律援助与维权：

   • 在处理过程中，如遇法律问题或纠纷，建房者可寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。作为专业律师，我将为你提供全面的法律支持和维权建议。

总结与建议：在基本农田上建房是违法行为，将面临责令停止建设、限期拆除、恢复土地原状、罚款以及可能的刑事责任追究等严重后果。因此，建议农民在建设前务必了解相关法律法规和政策要求，遵守审批流程，确保建房行为的合法性。如遇法律问题或纠纷，可直接向我咨询，我将为你提供专业的法律支持和维权建议。