针对您提出的“单位职工在基本农田建房怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理和法律法规的重要事项。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，基本农田是受到严格保护的土地资源，根据《基本农田保护条例》第十七条的规定，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或进行其他破坏基本农田的活动。这意味着，无论是单位职工还是其他个人，都不得在基本农田上擅自建房。
如果单位职工确实有建房需求，应当遵循以下合法途径：
申请宅基地：如果职工符合申请宅基地的条件（如年满18周岁、无宅基地或宅基地面积不足等），可以向所在村委会提出申请，经过村委会和乡镇政府的审批后，在符合村庄规划且未占用基本农田的地点建设住宅。
办理农用地转用手续：如果建房地点确实需要占用耕地（非基本农田），则必须按照《土地管理法》的相关规定，办理农用地转用审批手续，并确保占补平衡，即占用多少耕地就要开垦多少同等数量和质量的耕地。
对于已经擅自在基本农田上建房的情况，将面临以下处理措施：
责令退还非法占用的土地：土地执法部门会下达通知书，要求建房者退还非法占用的基本农田。
限期拆除新建房屋：建房者需要在规定期限内拆除在非法占用土地上新建的房屋，恢复土地原状。
罚款：根据非法占用土地的面积和情节严重程度，建房者可能面临罚款处罚。情节特别严重的，非法占用一亩耕地可能面临高额罚款，甚至可能涉及刑事责任。
刑事责任：如果非法占用农用地数量较大，造成农用地大量毁坏，还可能构成非法占用农用地罪，依法追究刑事责任。
因此，我强烈建议单位职工不要试图在基本农田上建房，而是应该遵循合法途径申请宅基地或办理相关审批手续。同时，也呼吁广大村民和单位职工共同保护耕地资源，维护国家粮食安全和生态安全。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地土地管理部门或相关法律机构。