若承包土地被擅自建厂房，您有权通过法律途径维护权益，具体处理方式需结合土地性质、建设合法性及承包合同条款综合判断。以下分情况说明：

1. 土地性质为农用地，且建设未获审批

• 法律依据：根据《土地管理法》第四十四条，农用地转用需依法办理审批手续。若厂房建设未取得农用地转用审批、乡村建设规划许可证，属于违法用地行为。
• 处理方式：
  1. 向自然资源部门举报：要求对违法建设行为进行查处，包括责令停止建设、限期拆除、恢复土地原状，并可处罚款（《土地管理法》第七十七条）。
  2. 主张承包合同解除权：若建设行为导致土地无法按约定用途使用（如种植、养殖），可依据《民法典》第五百六十三条，以“根本违约”为由解除合同，并要求赔偿损失（如土地复垦费用、预期收益损失等）。
  3. 提起行政诉讼：若自然资源部门未履行查处职责，可对其提起行政诉讼，要求履行法定职责。

2. 土地性质已转为建设用地，但建设仍违法

• 常见情形：土地虽已获批转为建设用地，但建设方未取得建设工程规划许可证，或违反承包合同约定擅自改变用途。
• 处理方式：
  1. 依据规划法规维权：向城乡规划部门举报，要求对违法建设行为进行查处（《城乡规划法》第六十四条）。若建设方未取得规划许可，可能面临限期拆除、没收实物或罚款等处罚。
  2. 主张违约责任：若承包合同明确约定土地用途（如仅限农业用途），建设方擅自建厂房构成违约，可要求其停止侵害、恢复原状，并赔偿损失（《民法典》第五百七十七条）。
  3. 提起民事诉讼：若建设方拒不整改，可向法院起诉，要求排除妨碍（拆除厂房）、赔偿损失，或依据合同约定主张违约金。

3. 建设行为合法，但违反承包合同约定

• 关键点：若建设方已取得全部审批手续（如农用地转用、规划许可），但承包合同明确禁止改变土地用途或建永久性建筑。
• 处理方式：
  1. 主张合同无效或解除：若合同条款明确禁止建设厂房，且建设行为导致合同目的无法实现（如土地无法用于农业），可依据《民法典》第五百六十三条解除合同，并要求赔偿损失。
  2. 协商变更合同：若双方同意保留厂房，可协商变更合同条款（如调整租金、用途限制等），并签订补充协议以明确权利义务。

4. 特殊情形：建设方为发包方或第三方

• 若发包方擅自建厂房：构成根本违约，可直接解除合同并要求赔偿全部损失，包括土地复垦费用、可得利益损失等。
• 若第三方侵权：如发包方将土地转包给第三方建厂房，可同时追究发包方违约责任（未履行监督义务）和第三方侵权责任（停止侵害、赔偿损失）。

行动建议

1. 收集证据：包括承包合同、土地权属证明、建设审批文件（如有）、现场照片、沟通记录等，以证明建设行为违法或违约。
2. 发送律师函：通过正式法律文书明确要求停止建设、恢复原状或赔偿损失，为后续诉讼或协商提供依据。
3. 同步启动行政与民事程序：向自然资源、规划部门举报的同时，准备民事诉讼材料，形成双重压力以推动问题解决。

提示：土地纠纷涉及行政审批、合同履行、侵权责任等多重法律关系，建议根据具体情形选择最优维权路径。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。