当您发现承包的土地被别人占用并用于违章建筑时，这确实是一个需要严肃对待的问题。为了有效维护您的合法权益，我建议您按照以下步骤来处理：

一、明确事实，收集证据

首先，您需要详细记录土地被占用的具体情况，包括被占用的面积、具体位置、占用时间以及占用人等信息。同时，收集所有能证明您对该土地拥有合法承包权的证据，如土地承包合同、经营权证等。此外，通过拍照、录像等方式记录土地被占用的现状，并尽可能收集证人证言，如邻居的证词，以证明土地被占用的事实和由此造成的损失。

二、尝试友好协商

在掌握了充分证据后，您可以尝试与占用人进行友好协商。明确告知对方您对该土地的合法承包权，并了解对方占用的原因。在协商过程中，您可以提出要求对方停止占用、拆除违章建筑并恢复土地原状的具体方案。如果双方能够达成共识，最好签订书面协议，明确双方的权利和义务，以及恢复土地原状的具体时间和方式。

三、寻求第三方调解

如果协商无果，您可以向当地的村民委员会、居民委员会或乡镇政府等基层组织提出调解申请。这些组织通常具有调解民间纠纷的经验和资源，能够组织双方进行协商，促使占用人停止侵权行为。在提交调解申请时，请附上您收集的所有证据材料，以便调解人员更好地了解情况。

四、申请行政处理

如果调解仍然未能解决问题，您可以向县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地权属争议处理申请。在申请时，请准备完整的申请材料，包括土地承包证明、被占用证据、申请书等，详细说明争议的事实、理由和要求。土地行政主管部门将依法进行调查处理，并根据法律法规作出处理决定。

五、考虑法律途径

如果行政处理无法解决问题或您对处理结果不满意，您可以考虑向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在起诉前，建议您聘请专业律师帮助您梳理案件事实、分析法律关系、起草诉讼文书，并代表您参与庭审。在起诉状中，请明确您的诉讼请求，如要求占用人停止侵权行为、拆除违章建筑、返还土地并赔偿经济损失等，并附上相关证据。

六、寻求法律援助

如果您经济困难，无力支付律师费用，可以向当地法律援助机构申请法律援助。法律援助机构将根据您的经济状况和案件性质进行审查，若符合条件，将指派律师为您提供免费的法律服务。

在整个处理过程中，保持冷静和理性至关重要。通过合法、合理的途径解决问题，不仅能够有效维护您对承包土地的合法权益，还能够避免不必要的冲突和损失。希望这些建议能对您有所帮助。