针对您提出的问题，即“公司只给员工交了养老工伤失业险，农村医保也有报销，是否合法，以及是否可以向社保局申诉”，以下是我的详细解答：

一、关于公司只交养老工伤失业险的合法性

根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当为其职工缴纳基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险等社会保险费。这意味着，公司只为员工缴纳养老、工伤、失业三项保险，而未缴纳基本医疗保险和生育保险，是不符合法律规定的。员工有权享受全面的社会保险保障，公司有义务为员工缴纳全部的社会保险费用。

二、关于农村医保的报销

农村医保，即城乡居民基本医疗保险，是针对农村居民和未参加职工基本医疗保险的城镇居民设立的一种医疗保险制度。如果您同时参加了农村医保和公司应缴纳的基本医疗保险（但公司未缴纳），在发生医疗费用时，您确实可以通过农村医保进行报销。然而，这并不意味着公司可以因此免除其缴纳基本医疗保险的法定义务。农村医保的报销并不能替代公司应缴纳的基本医疗保险所提供的保障。

三、关于向社保局申诉

鉴于公司未依法为员工缴纳全部的社会保险费用，您有权向当地社保局进行申诉。社保局作为社会保险的行政管理部门，负责监督用人单位的社会保险缴纳情况，并有权对违法行为进行查处。在申诉时，您可以提供相关证据，如工资条、社保缴纳记录等，以证明公司未依法缴纳社会保险费用。社保局在收到您的申诉后，会进行调查核实，并根据调查结果采取相应的措施，包括要求公司补缴社会保险费用、处以罚款等。

四、建议与总结

1. 与公司沟通：在向社保局申诉之前，您可以先尝试与公司进行沟通，明确表达您的诉求和法律依据，要求公司依法为您缴纳全部的社会保险费用。

2. 收集证据：为了支持您的申诉，建议您收集相关证据，如工资条、社保缴纳记录、劳动合同等，以证明公司未依法缴纳社会保险费用。

3. 向社保局申诉：如果与公司沟通无果，您可以向当地社保局进行申诉，并提供相关证据。社保局会依法进行调查处理，并保障您的合法权益。

4. 关注处理结果：在申诉后，建议您关注社保局的处理结果，并根据需要采取进一步的行动，如申请行政复议或提起行政诉讼等。

综上所述，公司只为员工缴纳养老、工伤、失业三项保险而不缴纳基本医疗保险和生育保险是不符合法律规定的。您有权向社保局进行申诉，并要求公司依法为您缴纳全部的社会保险费用。希望以上解答能对您有所帮助。