结论：员工交了居民养老和新农合后，企业报销的合法性需分情况讨论，一般情况下，企业报销员工已缴纳的居民养老和新农合费用并不合法，但在特定情形下可能存在合法空间。
分析：
一般情况下的不合法性：
- 社会保险的专属性：居民养老保险和新农合（新型农村合作医疗）属于社会保险范畴，其缴费主体和缴费义务具有明确的法律规定。员工作为社会保险的参保人，应自行承担缴费义务，企业并无直接报销员工个人社会保险费用的法定义务。
- 企业缴费义务的限定性：根据《社会保险法》等相关法律法规，企业应为员工缴纳的是企业职工基本养老保险、职工基本医疗保险等社会保险费用，而非员工个人已缴纳的居民养老或新农合费用。企业若擅自报销员工个人社会保险费用，可能涉嫌违反社会保险缴费的相关规定。
特定情形下的合法空间：
- 企业福利政策：虽然企业无法定义务报销员工个人社会保险费用，但企业可以通过制定内部福利政策，自愿为员工提供此类报销作为额外福利。这种情况下，企业报销员工已缴纳的居民养老和新农合费用是合法的，但需确保该福利政策不违反法律法规的强制性规定，且已明确告知员工并获得其同意。
- 特殊协议或约定：在极少数情况下，企业与员工之间可能存在特殊协议或约定，如员工因工作原因需异地缴纳社会保险费用，企业同意承担部分或全部费用。这种情况下，企业报销员工已缴纳的居民养老和新农合费用也是合法的，但需确保该协议或约定符合法律法规的规定，且已明确记载于劳动合同或相关协议中。
建议：
- 企业角度：企业应严格遵守社会保险缴费的相关规定，不得擅自报销员工个人社会保险费用。若企业希望为员工提供额外福利，可通过制定内部福利政策或与员工签订特殊协议等方式实现，但需确保合法合规。
- 员工角度：员工应自行承担社会保险缴费义务，不得要求企业报销个人已缴纳的社会保险费用。若员工对企业福利政策或特殊协议有疑问，可及时向企业人力资源部门或法律顾问咨询。
法律后果：
- 若企业擅自报销员工个人社会保险费用，可能面临社会保险行政部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
- 若员工与企业之间因社会保险费用报销问题发生纠纷，可通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径解决。
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