结论：单位以交农村合作医疗为由不交养老保险的行为一般不合法，但需分情况讨论。以下是具体分析：

1. 农村合作医疗与养老保险的性质与关系
   农村合作医疗（现称“城乡居民基本医疗保险”）属于社会保险中的医疗保险范畴，而养老保险是社会保险中独立的一个险种，二者在功能、缴费标准、待遇享受等方面均不同。根据《社会保险法》规定，用人单位与劳动者建立劳动关系后，必须依法为劳动者缴纳基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险（即“五险”），其中养老保险和医疗保险是强制缴纳的独立险种，互不替代。因此，单位以“已交农村合作医疗”为由拒绝缴纳养老保险，缺乏法律依据。

2. 单位可能存在的误解或违规情形

   • 混淆险种性质：部分单位可能误认为“农村合作医疗”已涵盖养老保险功能，或认为缴纳一种社保即可免除其他险种义务。但根据《社会保险法》第58条，用人单位必须自用工之日起30日内为职工办理社保登记，并缴纳五险，不得选择性缴纳。
     
   • 劳动者户籍或身份问题：若劳动者户籍在农村且已参加城乡居民养老保险（与职工养老保险不同），单位可能以此为由拒绝缴纳职工养老保险。但根据《社会保险法》第10条，职工应当参加职工基本养老保险，由用人单位和职工共同缴纳，与户籍或是否参加居民养老保险无关。即使劳动者已参加居民养老保险，单位仍需为其缴纳职工养老保险（二者可衔接，但不可替代）。
     
   • 单位未履行法定义务：若单位未与劳动者签订劳动合同、未建立劳动关系，或以“非全日制员工”“临时工”等名义规避社保缴纳义务，则属于违法行为。根据《劳动合同法》第10条，建立劳动关系必须签订书面劳动合同，且单位必须缴纳社保。

3. 劳动者的维权途径

   • 与单位协商：要求单位补缴养老保险，并明确告知其法律义务。
     
   • 向社保部门投诉：携带劳动合同、工资流水等证据，向当地社保稽核部门举报单位违法行为，要求责令补缴。
     
   • 申请劳动仲裁：若单位拒不改正，可申请劳动仲裁，主张单位补缴社保并赔偿损失（如因未缴纳社保导致的养老金损失）。
     
   • 解除合同并主张经济补偿：若单位长期未缴纳社保，劳动者可依据《劳动合同法》第38条解除劳动合同，并要求单位支付经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。

温馨提示：社保缴纳是单位的法定义务，直接关系劳动者的养老、医疗等权益。若遇到单位拒缴、少缴社保的情况，建议及时通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或证据收集方法。