结论：土木工程施工单位在项目结束后发放最低生活保障是否合法，需根据具体情况判断，若双方劳动合同中有明确约定，或符合国家及地方关于工资支付、生活保障的相关规定，则合法；若无约定或违反规定，则不合法。以下从不同角度详细分析：
一、劳动合同约定角度
有明确约定：
- 若施工单位与劳动者在劳动合同中明确约定，在项目结束或特定情况下（如停工、待岗等），施工单位将按照最低生活保障标准支付劳动者工资或生活费，且该约定不违反国家强制性法律规定，则施工单位发放最低生活保障是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第十七条，劳动合同应当具备劳动报酬等条款。双方约定的劳动报酬标准（包括最低生活保障）只要不低于当地最低工资标准（在特定情况下，如停工待岗期间，可能适用更低的生活费标准，但需符合地方规定），即具有法律效力。
无明确约定：
- 若劳动合同中未明确约定项目结束后或特定情况下的工资支付标准，施工单位单方面决定发放最低生活保障，则可能构成违法。
- 法律后果：劳动者有权要求施工单位按照正常工资标准支付工资，或向劳动监察部门投诉，要求施工单位纠正违法行为。
二、国家及地方规定角度
符合国家规定：
- 在某些特定情况下，如因不可抗力或用人单位原因导致停工、停产，且在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，用人单位应按国家有关规定办理（如支付生活费）。
- 法律依据：参考《工资支付暂行规定》第十二条，以及地方性法规中关于停工、停产期间工资支付的规定。
违反国家规定：
- 若施工单位在项目结束后，无正当理由单方面决定发放最低生活保障，且该标准低于当地最低工资标准或未按照国家及地方规定支付生活费，则构成违法。
- 法律后果：劳动者有权要求施工单位补足工资差额，或向劳动监察部门投诉，要求施工单位承担法律责任。
三、实际操作建议
对于施工单位：
- 在签订劳动合同时，应明确约定项目结束或特定情况下的工资支付标准，以避免纠纷。
- 在决定发放最低生活保障前，应确保该决定符合国家及地方规定，并征得劳动者同意（如通过职工代表大会或工会讨论通过）。
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解项目结束或特定情况下的工资支付标准。
- 如发现施工单位违法发放最低生活保障，应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结：土木工程施工单位在项目结束后发放最低生活保障是否合法，需根据劳动合同约定及国家及地方规定综合判断。如有疑问或遇到纠纷，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供法律建议。