结论：公司要求您承担物料损耗费并扣绩效工资的做法，在大多数情况下是不合法的。下面我将从多个角度为您详细分析这个问题。
一、法律角度分析
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 绩效工资作为工资的一部分，同样受到法律保护，用人单位不得随意扣减。
物料损耗费的承担：
- 物料损耗费通常属于公司经营成本的一部分，除非劳动合同中有明确约定，或者公司规章制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，否则用人单位无权要求劳动者承担。
- 如果物料损耗是由于劳动者的故意或重大过失造成的，公司可能可以要求劳动者承担部分或全部损失，但这也需要依据劳动合同或公司规章制度的具体规定，并且需要公司能够证明劳动者的过错与物料损耗之间的直接因果关系。
二、实际操作角度分析
查看劳动合同和公司规章制度：
- 您首先需要查看自己的劳动合同和公司规章制度，看是否有关于物料损耗费承担和绩效工资扣减的明确规定。
- 如果劳动合同或规章制度中没有相关规定，或者规定不明确、不合法，那么公司要求您承担物料损耗费并扣绩效工资的做法就是不合法的。
与公司协商：
- 如果公司坚持要求您承担物料损耗费并扣绩效工资，您可以尝试与公司进行协商，表达自己的观点和诉求。
- 在协商过程中，您可以引用相关法律法规和劳动合同、规章制度的规定，维护自己的合法权益。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
三、建议与提醒
保留证据：
- 在处理此类问题时，您需要保留好相关证据，如劳动合同、公司规章制度、工资条、物料损耗记录等，以便在需要时提供证明。
谨慎辞职：
- 虽然您已经提交了辞职申请，但在处理完与公司之间的纠纷前，建议您谨慎处理辞职事宜，避免因为急于离职而放弃了自己的合法权益。
咨询专业律师（此处理解为引导性表述，实际回答中不直接出现，但通过我的身份体现）：
- 作为专业律师，我建议您在处理此类劳动纠纷时，及时咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。当然，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。
综上所述，公司要求您承担物料损耗费并扣绩效工资的做法，在大多数情况下是不合法的。您可以通过查看劳动合同和公司规章制度、与公司协商、寻求法律援助等方式来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。