结论：辞职时被扣工资是否合法，需根据具体情况判断，包括扣工资的原因、劳动合同及公司规章制度的规定等。以下从多个角度进行分析：
一、合法扣工资的情形
法定扣减：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 举例：若员工因疏忽导致公司财产损失1000元，且劳动合同中有相关约定，公司可从员工当月工资中扣除最多200元（假设员工月工资为1000元以上，且扣除后不低于最低工资标准）。
约定扣减：
- 若劳动合同或公司规章制度中明确规定了辞职时需扣除的款项（如培训费、竞业限制补偿等），且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣减工资可能是合法的。
- 举例：若员工在入职时与公司签订了培训协议，约定服务期为3年，若未满服务期辞职，需支付一定比例的培训费作为违约金。若员工在服务期内辞职，公司可按照协议约定扣减相应工资。
二、非法扣工资的情形
无合法依据扣减：
- 若公司无法提供合法依据（如法律法规、劳动合同或公司规章制度）来支持其扣减工资的行为，那么这种扣减就是非法的。
- 举例：公司仅以员工辞职为由，随意扣减工资，且无法提供任何合法依据，这种行为就是非法的。
超过法定限额扣减：
- 即使公司有合法依据扣减工资，但扣减的金额超过了法定限额（如每月扣除的部分超过劳动者当月工资的20%），也是非法的。
- 举例：若员工月工资为2000元，公司因员工辞职扣减了500元工资，超过了当月工资的20%（即400元），那么这种扣减就是非法的。
三、法律建议
审查劳动合同和公司规章制度：
- 员工在辞职前，应仔细审查劳动合同和公司规章制度中关于工资扣减的条款，确保公司的扣减行为有合法依据。
与公司协商：
- 若员工认为公司的扣减行为不合法或不合理，可与公司进行协商，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
进一步思考：在辞职过程中，员工应保留好相关证据（如劳动合同、工资条、公司规章制度等），以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。同时，员工也应了解自己的权利和义务，避免在辞职过程中因不了解法律法规而遭受损失。若您在辞职过程中遇到工资被扣的问题，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。