工伤认定部门在单位确认有劳动关系情况下否定劳动关系，属于违法行政行为，具体可能涉及超越职权、滥用职权或违反法定程序等情形。以下从不同角度详细分析：
一、违法性分析
超越职权：
- 工伤认定部门的主要职责是依据《工伤保险条例》等相关法律法规，对劳动者是否构成工伤进行认定。其认定劳动关系的前提和依据应当是明确的法律、法规或规章。若单位已确认存在劳动关系，而工伤认定部门在无新证据或法律依据的情况下否定该关系，可能构成超越职权，即超出了其法定职责范围进行行政行为。
滥用职权：
- 滥用职权是指行政机关或其工作人员在行使职权时，出于不正当目的或动机，故意违背法律、法规或规章的规定，损害公共利益或他人合法权益的行为。若工伤认定部门在明知单位已确认劳动关系的情况下，仍故意否定该关系，且无正当理由，可能构成滥用职权。
违反法定程序：
- 工伤认定部门在认定劳动关系时，应当遵循法定的程序和步骤。若其未按照法定程序进行调查、取证、听证等环节，或未给予当事人充分的陈述、申辩机会，而直接否定已确认的劳动关系，可能构成违反法定程序。
二、法律后果
行政复议或行政诉讼：
- 若劳动者或用人单位认为工伤认定部门的否定劳动关系行为违法，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。行政复议机关或法院将对工伤认定部门的行政行为进行审查，若确认其违法，将撤销或变更该行政行为，并可能责令工伤认定部门重新作出认定。
赔偿损失：
- 若工伤认定部门的违法行政行为给劳动者或用人单位造成了损失，如因否定劳动关系而导致劳动者无法享受工伤保险待遇等，劳动者或用人单位有权要求工伤认定部门承担赔偿责任。
三、建议与措施
收集证据：
- 劳动者或用人单位应收集并保存好与劳动关系相关的所有证据，如劳动合同、工资单、工作证、考勤记录等，以证明劳动关系的存在。
及时申请行政复议或提起行政诉讼：
- 若认为工伤认定部门的否定劳动关系行为违法，应在法定期限内及时申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
咨询专业律师：
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议和帮助。律师将根据具体情况，为劳动者或用人单位提供针对性的法律策略和解决方案。
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