劳动仲裁已经否定劳动关系的情况下，一般不能直接认定工伤，但劳动者仍可通过其他途径争取工伤认定。以下从不同角度详细分析：
一、工伤认定的法定机构与程序
根据《工伤保险条例》第十七条，工伤认定是由社会保险行政部门负责的法定程序。职工发生事故伤害或被诊断、鉴定为职业病时，应由用人单位或受伤职工及其近亲属、工会组织向社会保险行政部门提出工伤认定申请。社会保险行政部门将审核申请材料，并作出是否认定为工伤的决定。这一程序是获得工伤待遇的前提和基础，且工伤认定的职权专属于社会保险行政部门，劳动仲裁机构无权直接认定工伤。
二、劳动仲裁在工伤处理中的角色
确认劳动关系：劳动仲裁在工伤认定过程中的一个重要作用是确定劳动关系。根据《工伤保险条例》第十八条，提出工伤认定申请需要提交与用人单位存在劳动关系的证明材料。当劳动关系不明确时，劳动者可以通过劳动仲裁来确认与用人单位之间是否存在劳动关系。若劳动仲裁已经否定劳动关系，则劳动者在申请工伤认定时将面临缺乏劳动关系证明材料的障碍。
解决工伤争议：虽然劳动仲裁不能直接认定工伤，但它在解决工伤争议方面发挥着重要作用。如果用人单位对工伤认定有异议，或者劳动者与用人单位因工伤待遇等问题产生争议，此时可以依法申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依据相关法律法规，包括《工伤保险条例》中关于工伤认定的规定，来审理双方之间的争议，并作出裁决。然而，这一裁决并不等同于工伤认定，而是对工伤争议的一种解决方式。
三、劳动仲裁否定劳动关系后的应对策略
申请行政复议或提起行政诉讼：如果劳动者认为劳动仲裁机构否定劳动关系的裁决存在错误，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，请求撤销或变更该裁决。在行政复议或行政诉讼过程中，劳动者需要提供充分的证据证明与用人单位之间存在劳动关系。
重新收集证据并申请工伤认定：即使劳动仲裁已经否定劳动关系，劳动者仍可以尝试重新收集证据，如工资单、工作证、考勤记录等，以证明与用人单位之间存在事实劳动关系。在收集到足够证据后，劳动者可以向社会保险行政部门重新申请工伤认定。
寻求其他法律途径：如果劳动者无法通过行政复议、行政诉讼或重新申请工伤认定等途径获得工伤认定，还可以考虑寻求其他法律途径，如与用人单位协商解决、申请劳动监察部门介入调查等。然而，这些途径可能无法直接获得工伤认定，但有助于劳动者维护自己的合法权益。
四、实际案例与启示
以某工厂工人小李为例，小李在工厂工作时受伤，但工厂不承认与小李存在劳动关系。小李先申请了劳动仲裁，但仲裁机构否定了劳动关系。此时，小李并没有放弃，而是收集了工资单、工作证等证据，并向社会保险行政部门重新申请了工伤认定。最终，社会保险行政部门根据小李提供的证据认定了工伤，并责令工厂承担相应的工伤赔偿责任。这个案例启示我们，即使劳动仲裁已经否定劳动关系，劳动者仍应积极收集证据并寻求其他法律途径来维护自己的合法权益。
总结与建议：劳动仲裁与工伤认定是两个不同的法律程序，各自承担着不同的职责。劳动者在遭遇工伤时，应首先了解这两个程序的作用和流程。如果劳动仲裁已经否定劳动关系，劳动者不应轻易放弃，而是应积极收集证据并寻求其他法律途径来争取工伤认定和相应的工伤赔偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。