关于员工脑出血后休了多年病休期离职时经济补偿金的计算问题，需要分情况讨论，以下是详细分析：

1. 医疗期满后解除劳动合同的情况
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期长度根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3-24个月。
   若员工医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位提前30日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者1个月工资后，可以解除劳动合同。此时经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，每满1年支付1个月工资的标准向劳动者支付。6个月以上不满1年的，按1年计算；不满6个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   例如，员工在单位工作10年，月工资5000元，则经济补偿金为10×5000=50000元。

2. 劳动合同期满终止的情况
   若员工处于医疗期内，劳动合同期满时，劳动合同应当续延至医疗期满。医疗期满后，若劳动合同终止，经济补偿金同样按照上述工作年限和月工资标准计算。
   但需注意，若员工因患病或非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，此时用人单位解除劳动合同，除支付经济补偿金外，还需支付医疗补助费。医疗补助费的标准一般不低于6个月工资，患重病或绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的50%，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的100%。

3. 员工主动离职的情况
   若员工在病休期间主动提出离职，且不属于用人单位存在过错导致员工离职的情形（如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等），则用人单位无需支付经济补偿金。
   但若员工因用人单位存在过错而被迫离职，如用人单位未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等，员工可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金，计算标准同上述第一种情况。

4. 特殊情况：病休期间工资支付问题对经济补偿金的影响
   经济补偿金的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资。若员工在病休期间，用人单位按照不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资，且该病假工资低于员工正常工作时的工资水平，在计算经济补偿金时，若员工在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准，则按照当地最低工资标准计算；若高于当地最低工资标准但低于员工正常工作时的工资水平，则按照实际平均工资计算。

建议：

• 用人单位应严格按照法律规定计算和支付经济补偿金，避免因计算错误或支付不足而引发劳动争议。
  
• 员工在离职前应了解自己的权益，若对经济补偿金的计算有疑问，可要求用人单位提供详细的计算依据。
  
• 若双方对经济补偿金的计算存在争议，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决。
  

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