结论：公司把不定时工时制员工以擅自离岗为由开除是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、不定时工时制的特点与法律规定

不定时工时制是一种特殊的工作时间制度，它不受《劳动法》第三十八条规定的“每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时”的限制。根据《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》的规定，企业因生产特点不能实行标准工时制的，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制。这意味着，不定时工时制的员工在工作时间上具有更大的灵活性，其工作时间的安排往往与企业的生产经营需要紧密相关。

二、擅自离岗的认定与合法性分析

1. 擅自离岗的定义：擅自离岗通常指的是员工未经企业允许，擅自离开工作岗位，且未按照企业规定履行请假或报备手续的行为。

2. 合法性分析：

   • 若员工确实存在擅自离岗行为：且该行为严重违反了企业的规章制度或劳动合同约定，企业有权依据《劳动合同法》第三十九条的规定，以员工严重违反规章制度为由解除劳动合同。但在此情况下，企业需确保规章制度的合法性、合理性，并已向员工公示或告知。
   • 若员工并未擅自离岗：或离岗行为并未达到严重违反规章制度的程度，企业以此为由开除员工则可能构成违法解除劳动合同。此时，员工有权要求企业支付赔偿金或继续履行劳动合同。

三、不定时工时制下的特殊考量

在不定时工时制下，由于员工的工作时间具有灵活性，企业对于“擅自离岗”的认定应更加谨慎。例如，若员工因工作需要外出或处理紧急事务，且已按照企业规定履行了相关手续，则不应被认定为擅自离岗。此外，企业还应考虑员工的工作性质、岗位特点等因素，合理确定“擅自离岗”的标准和范围。

四、建议与措施

1. 企业方面：

   • 制定合法、合理的规章制度，明确“擅自离岗”的定义、后果及处理程序。
   • 加强员工培训，确保员工了解并遵守企业的规章制度。
   • 在处理员工擅自离岗行为时，应依法依规进行，避免违法解除劳动合同。

2. 员工方面：

   • 了解并遵守企业的规章制度和劳动合同约定。
   • 如因特殊原因需要离岗，应按照企业规定履行请假或报备手续。
   • 如认为企业处理不当，可依法维护自己的合法权益。

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