结论：工作时间管控员工不离开公司是否合法，需根据具体情况判断，包括公司的规章制度、劳动合同的约定以及是否侵犯了员工的合法权益等因素。
分析：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了员工在工作时间必须留在公司内，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司要求员工不离开公司可能是合法的。
- 但需要注意的是，即使规章制度或劳动合同中有这样的规定，如果其内容显失公平或侵犯了员工的合法权益（如休息权、人身自由权等），员工仍有权提出异议，并可能通过法律途径维护自己的权益。
是否侵犯员工合法权益：
- 工作时间管控员工不离开公司，如果限制了员工必要的休息、用餐或如厕等基本生理需求，或者侵犯了员工的人身自由权，那么这种管控就是不合法的。
- 例如，如果公司要求员工在工作时间一直坐在工位上，不允许离开去吃饭或上厕所，这显然侵犯了员工的基本权益，是违法的。
特殊情况下的合法性：
- 在某些特殊情况下，如公司面临紧急任务、突发事件或需要员工加班完成特定工作时，公司可能要求员工暂时不离开公司。这种情况下，如果公司能够提供合理的补偿（如加班费、调休等），并且这种要求不违反法律法规的强制性规定，那么可能是合法的。
- 但即使如此，公司也应尊重员工的意愿和权益，避免过度强制或侵犯员工的合法权益。
建议：
- 对于公司：在制定规章制度或劳动合同条款时，应充分考虑员工的合法权益和合理需求，避免制定过于苛刻或侵犯员工权益的规定。同时，在要求员工不离开公司时，应提供合理的补偿和解释，以维护良好的劳动关系。
- 对于员工：如果认为公司的管控行为侵犯了自己的合法权益，可以与公司进行沟通协商，要求公司改正。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果公司违法管控员工不离开公司，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 员工也可能因此解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
如有更多关于劳动工伤或劳动仲裁的具体问题，可以直接向我咨询。