员工与公司协商工作时间是合法的，但需遵循一定的法律框架和原则。以下从不同角度为您详细分析：

1. 协商的合法性基础

• 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者与用人单位在平等自愿、协商一致的基础上，可以就劳动合同的内容进行变更，包括工作时间的调整。这意味着，只要双方达成一致，且不违反法律强制性规定，协商工作时间是合法的。

2. 协商需遵循的原则

• 平等自愿原则：协商过程中，双方地位平等，任何一方不得强迫对方接受不合理的条件。
• 合法合规原则：协商后的工作时间安排不得违反法律关于工作时间、休息休假等强制性规定。例如，每日工作时间一般不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十四小时，且应保证劳动者每周至少休息一日。
• 公平合理原则：协商结果应公平合理，既要考虑企业的生产经营需要，也要保障劳动者的合法权益。

3. 协商后的法律义务

• 一旦双方就工作时间达成一致，并签订了书面协议（如劳动合同变更协议），则双方均应按照协议履行。企业不得随意变更工作时间安排，劳动者也应遵守新的工作时间规定。
• 若协商后的工作时间安排违反了法律强制性规定（如超时加班未支付加班费），则劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业纠正违法行为并承担相应的法律责任。

4. 特殊情况下的协商

• 在某些特殊情况下（如企业生产经营需要、突发事件等），企业可能需要临时调整工作时间。此时，企业应与劳动者进行充分沟通，并尽量达成一致。若无法达成一致，企业应依法支付加班费或安排补休等补偿措施。

5. 法律建议

• 书面确认：建议双方将协商后的工作时间安排以书面形式确认下来，作为劳动合同的一部分或作为劳动合同的变更协议，以避免未来可能出现的纠纷。
• 遵守法律：在协商过程中，双方应严格遵守法律关于工作时间、休息休假等强制性规定，确保协商结果的合法性和有效性。
• 及时沟通：若在执行过程中出现问题或争议，双方应及时沟通并寻求解决方案。若无法自行解决，可寻求劳动监察部门或劳动仲裁机构的帮助。

总结来说，员工与公司协商工作时间是合法的，但需遵循平等自愿、合法合规、公平合理的原则，并确保协商结果不违反法律强制性规定。若您在协商过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。