与员工约定工作时间本身是合法的，但具体合法性取决于约定的内容是否符合法律法规的规定。以下从不同角度为你详细分析：
合法约定的情况：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者可以协商确定工作时间。例如，标准工时制下，每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过40小时。如果双方约定的工时制度符合这一基本框架，或者经过劳动行政部门批准实行不定时工作制、综合计算工时工作制等特殊工时制度，那么这样的约定就是合法的。
- 举例来说，如果一家公司与员工约定实行弹性工作制，只要这种制度不违反法律法规的强制性规定，且双方自愿达成一致，那么这种约定就是有效的。
可能违法的情况：
- 如果用人单位与员工约定的工作时间超过了法定标准，如每日工作超过8小时、每周工作超过40小时，且没有依法支付加班费或安排补休，那么这种约定就是违法的。
- 另外，如果用人单位未经劳动行政部门批准，擅自实行不定时工作制或综合计算工时工作制，也可能面临法律风险。
法律建议：
- 在与员工约定工作时间时，用人单位应首先了解并遵守相关法律法规的规定，确保约定的工时制度合法合规。
- 双方应明确约定工作时间、加班政策、休息休假等条款，并签订书面劳动合同，以避免未来可能出现的纠纷。
- 如果用人单位希望实行特殊工时制度，应提前向劳动行政部门申请批准，并确保在实施过程中符合相关规定。
可能的法律后果：
- 如果用人单位与员工约定的工作时间违法，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位改正违法行为并支付相应的赔偿。
- 在严重情况下，用人单位还可能面临行政处罚或刑事责任。
总结来说，与员工约定工作时间本身并不违法，但关键在于约定的内容是否符合法律法规的规定。如果你在与员工约定工作时间方面存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。