与公司约定每天工作12小时，在一般情况下是不合法的，但特定情况下可能合法，具体需依据工时制度和审批程序来判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、标准工时制下的情况

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。在标准工时制下，劳动合同直接约定每日工作12小时，明显超出了法定工作时间，因此是不合法的。

二、特殊工时制下的情况

特殊工时制包括不定时工作制和综合计算工时工作制，这两种工时制需要经劳动行政部门审批后方可实施。

1. 综合计算工时工作制：

   • 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但总工时不应超过法定标准。例如，若一个综合计算周期为一个月，且该月内总工时未超过法定标准（即平均每周不超过44小时，一个月按4周计算则不超过176小时），那么在此周期内，即使某一天工作12小时，也可能是合法的。
   • 但需注意，即使实行综合计算工时工作制，用人单位也需确保劳动者的休息休假权利，避免连续长时间工作对劳动者身体健康造成损害。

2. 不定时工作制：

   • 不定时工作制没有固定的工作时间限制，但企业仍需保障职工的休息休假权利，确保其身体健康。
   • 在此制度下，若用人单位能确保劳动者休息权利并得到审批，且劳动者的工作时间安排合理，那么约定12小时工作时间也可能被视为合法。但这种情况较为少见，且需严格审批和监管。

三、加班情况下的合法性

即使在特殊工时制下，劳动者实际工作达到12小时，其中超出正常工作时间的部分一般应认定为加班。根据《劳动法》第四十四条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，应与工会和劳动者协商，并依法支付加班工资。具体标准为：

• 延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；
• 休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%的工资报酬；
• 法定休假日工作的支付不低于工资的300%的工资报酬。

因此，若用人单位与劳动者协商一致，且依法支付了加班工资，那么在特殊工时制下，每天工作12小时（包含加班时间）可能是合法的。但需注意，加班时间也需受到一定限制，如每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时（特殊原因下除外）。

四、劳动者权益保护建议

• 了解自身权益：劳动者应充分了解自己的工作时间权益，包括法定工作时间、加班工资支付标准等。
• 拒绝违法安排：若用人单位违反工时规定，强制要求员工长时间工作并未按规定支付相应薪资，劳动者有权拒绝并要求用人单位改正。
• 协商与投诉：劳动者可与用人单位协商解决争议；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。

总结来说，与公司约定每天工作12小时是否合法，需结合用人单位实行的工时制度、是否获得劳动行政部门审批以及加班工资支付情况等多方面因素综合判断。劳动者应了解自己的权益和法律规定，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。