劳动合同约定每日工作12小时，其合法性并非绝对，而是需要根据具体情况来判断。下面我将从工时制度、加班规定以及综合判断三个角度为您详细解析：

工时制度分析

1. 标准工时制：

   • 根据《国务院关于职工工作时间的规定》及《中华人民共和国劳动法》，我国普遍实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度（部分规定为40小时，但此处以更普遍的44小时为标准分析）。
   • 在标准工时制下，劳动合同直接约定每日工作12小时，显然超出了法定工作时间，因此是不合法的。

2. 特殊工时制：

   • 包括不定时工作制和综合计算工时工作制，这两种工时制需要经劳动行政部门审批后方可实施。
   • 综合计算工时工作制：允许在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间超过8小时，但总工时不应超过法定标准。若用人单位经过审批，并且计算周期内总工时不超标，那么约定12小时工作时间可能是合法的。
   • 不定时工作制：没有固定的工作时间限制，但企业需保障职工的休息休假权利。若用人单位能确保劳动者休息权利并得到审批，约定12小时工作时间在某些情况下也可能被视为合法。

加班规定分析

• 即使在特殊工时制下，劳动者实际工作达到12小时，其中超出正常工作时间的部分一般应认定为加班。
• 根据《劳动法》规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，应与工会和劳动者协商，并依法支付加班工资。具体标准为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%；法定休假日工作的支付不低于工资的300%。

综合判断

• 判断劳动合同约定12小时工作时间是否合法，关键在于用人单位是否依法获得相应工时制度的审批，并确保劳动者的休息休假权利不受侵害。
• 若未经审批或未能保障劳动者休息权利，则约定每日工作12小时是不合法的。
• 用人单位应严格遵守国家法律法规，确保劳动合同的合法性，并依法支付加班工资，以保障劳动者的合法权益。

综上所述，劳动合同约定每日工作12小时的合法性需结合具体情况进行综合判断。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。