针对您提出的问题“员工已经提交离职申请，但发生病假怎么办”，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，即使员工已经提交了离职申请，但在其正式离职前，仍然属于公司的在职员工，因此其病假权益应受到保护。
一、医疗期的确定
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及相关地方规定，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，会根据其实际参加工作年限和在本单位工作年限给予一定的医疗期。这个医疗期可能是三个月到二十四个月不等，具体取决于员工的工作年限。例如，实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。而实际工作年限十年以上的，医疗期则会更长。
二、病假期间的工资支付
在病假期间，公司应按照国家和地方的相关规定支付病假工资或疾病救济费。这些费用通常不得低于当地最低工资标准的80%。具体支付标准可能因员工的连续工龄而有所不同，如连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发；连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发，以此类推。
三、离职申请与病假的关系
如果离职申请尚未生效：即员工还未正式离职，此时发生病假，员工应享受正常的医疗期和病假工资待遇。离职申请可以暂时搁置，待员工医疗期满或康复后再行处理。
如果离职申请已生效但尚未办理离职手续：在这种情况下，员工仍然属于公司员工，因此其病假权益同样应受到保护。公司应继续支付病假工资，并等待员工医疗期满或康复后再办理离职手续。
特殊情况处理：如果员工在医疗期内合同到期，根据相关规定，合同期满单位是不能和职工终止劳动合同的，要顺延至医疗期期满为止。只有在医疗期满后，员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作时，单位才可以提前30天以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后解除劳动合同。
四、建议
及时沟通：公司应与员工及时沟通，了解其病情和医疗期情况，以便合理安排工作和支付病假工资。
完善制度：公司应完善相关制度，明确员工在病假期间的权益和待遇，以及离职申请与病假的关系处理流程。
依法处理：在处理此类问题时，公司应严格遵守国家和地方的相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。
综上所述，即使员工已经提交了离职申请，但在其正式离职前发生病假，公司仍应按照相关规定支付病假工资并保障其医疗期权益。希望以上解答能对您有所帮助。