结论：在劳动仲裁中，若公司制度不合法，您不能直接要求仲裁机构废除该条款，但可以通过仲裁程序主张该条款无效，并要求公司承担相应的法律责任。

详细解释：

1. 劳动仲裁的职能与范围：

   • 劳动仲裁是解决劳动争议的一种方式，其职能主要是根据双方提供的证据和法律规定，对劳动争议进行裁决。
   • 劳动仲裁的范围通常限于劳动争议的具体事项，如工资支付、加班费、解除劳动合同等，而不直接涉及对公司内部规章制度的修改或废除。

2. 公司制度不合法的处理：

   • 如果您认为公司的某项制度不合法，首先应当明确该制度违反了哪些法律法规或劳动合同的约定。
   • 在劳动仲裁中，您可以提出该制度不合法的抗辩，并要求仲裁机构认定该制度无效。仲裁机构在裁决时，会依据相关法律法规和劳动合同的约定，判断该制度是否合法有效。
   • 如果仲裁机构认定该制度无效，那么该制度在对您产生约束力的范围内将不再适用，但这并不意味着仲裁机构会直接“废除”该条款，而是确认其无效，并据此作出裁决。

3. 后续法律行动：

   • 如果仲裁机构未认定公司制度不合法，但您仍然认为该制度存在问题，您可以在收到仲裁裁决后，向人民法院提起诉讼，请求法院确认该制度无效。
   • 在诉讼过程中，法院将全面审查该制度的合法性，并作出最终判决。如果法院确认该制度无效，那么该制度将不再具有法律效力。

4. 法律建议：

   • 在提起劳动仲裁前，建议您先收集相关证据，证明公司制度的不合法性，如相关法律法规、劳动合同、公司规章制度等。
   • 在仲裁过程中，要清晰、准确地陈述您的主张和理由，并提供充分的证据支持。
   • 如果仲裁结果不如预期，不要轻易放弃，可以考虑向人民法院提起诉讼，继续维护自己的合法权益。

举例说明： 假设公司有一项规定，要求员工在离职时必须支付高额的违约金，而这项规定违反了《劳动合同法》中关于违约金的规定。在劳动仲裁中，您可以提出这项规定不合法的抗辩，并要求仲裁机构认定其无效。如果仲裁机构认定该规定无效，那么在裁决时，将不会考虑这项违约金的规定，您也无需支付这笔费用。

总结： 在劳动仲裁中，您不能直接要求仲裁机构废除公司不合法的制度条款，但可以通过仲裁程序主张该条款无效，并要求公司承担相应的法律责任。如果仲裁结果不如预期，您还可以考虑向人民法院提起诉讼，继续维护自己的合法权益。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。