公司制度不合理，一般不直接构成申请劳动仲裁的事由，但当公司制度的不合理性导致具体违法行为，损害劳动者合法权益时，劳动者可以申请劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：
一、公司制度不合理与劳动仲裁的直接关系
不可直接申请仲裁的情形：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动仲裁主要处理的是用人单位与劳动者之间因确认劳动关系、劳动合同的订立履行变更解除终止、工作时间休息休假、社会保险福利培训、劳动保护、劳动报酬工伤医疗费经济补偿或赔偿金等发生的争议。
- 公司制度本身的不合理性，如制度内容模糊、程序不合法等，通常并不直接属于上述可申请劳动仲裁的事项范畴。
可申请仲裁的情形：
- 如果公司不合理的制度导致了具体的违法行为，如无故降低工资待遇、增加劳动强度不给相应报酬、随意延长工作时间无加班补偿、不为员工缴纳社会保险费等，这些行为直接损害了劳动者的合法权益，劳动者可以针对这些具体行为申请劳动仲裁。
二、申请劳动仲裁的条件与注意事项
准备充分证据：
- 要证明公司制度的不合理性以及该制度对自己权益造成的具体损害，劳动者需要准备充分的证据。这些证据包括但不限于劳动合同、工资条、考勤记录、与公司沟通相关问题的邮件或聊天记录、公司发布制度的文件等。
- 例如，若因公司不合理的考勤制度被错误扣工资，考勤记录和工资条就是关键证据，能够证明公司制度的不合理性以及因此导致的工资损失。
明确仲裁请求：
- 在申请仲裁时，劳动者需清晰提出自己的仲裁请求，如要求公司按照原工资标准发放工资、支付加班费用、补缴社会保险费、撤销不合理的处罚决定等。
- 明确的仲裁请求有助于仲裁机构更准确地理解劳动者的诉求，并作出公正的裁决。
内部协商优先：
- 在决定申请劳动仲裁前，建议劳动者先仔细研究公司制度，并与公司的人力资源部门或管理层进行沟通协商，尝试通过内部途径解决纠纷。
- 内部协商往往能够更快速、更灵活地解决问题，避免不必要的法律纠纷和成本。
法定程序制定制度的重要性：
- 公司制度的制定应遵守法律规定，涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项，需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。
- 若制度制定程序违法，且因此影响劳动者权益，劳动者同样有权申请劳动仲裁，要求公司撤销或修改不合理的制度。
三、实际案例与法律后果
- 实际案例：假设某公司制定了一项不合理的考勤制度，规定员工每月迟到超过三次即扣除当月全部奖金。该制度未经职工代表大会讨论，也未与工会或职工代表协商。员工小张因交通拥堵等原因每月迟到四次，被公司扣除了当月全部奖金。小张认为该制度不合理且程序违法，于是向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司支付被扣除的奖金。最终，仲裁机构支持了小张的请求，认为公司制度程序违法且内容不合理，判决公司支付小张被扣除的奖金。
- 法律后果：如果公司制度的不合理性导致劳动者权益受损，且劳动者通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维权成功，公司可能需要承担支付经济补偿、赔偿金、恢复劳动者权益等法律责任。同时，公司还可能因制度程序违法而面临行政处罚或声誉损失等后果。
总结与建议：公司制度不合理本身并不直接构成申请劳动仲裁的理由，但当这种不合理性导致具体违法行为并损害劳动者合法权益时，劳动者可以依法申请劳动仲裁。在申请仲裁前，建议劳动者先尝试内部协商解决纠纷，并准备好充分的证据以支持自己的仲裁请求。同时，公司也应确保制度的合法性与合理性，以避免不必要的法律纠纷和成本。如果您在劳动仲裁方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。