劳动合同不合法，劳动者确实可以申请劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：

一、可以申请劳动仲裁的情形

1. 合同必备条款缺失：根据《劳动合同法》的规定，劳动合同应当包含用人单位信息、劳动者信息、合同期限、工作内容和地点、工作时间和休息休假、劳动报酬、社会保险等必备条款。若劳动合同中这些条款缺失，导致劳动者的权益可能受损，劳动者可以就相关问题申请劳动仲裁。例如，合同未明确劳动报酬，引发工资争议，劳动者可申请仲裁解决。

2. 合同内容违法：劳动合同的内容不得违反法律法规的强制性规定。如果劳动合同中存在“员工自愿放弃缴纳社会保险”等违法条款，该条款无效，且劳动者可以此为由申请劳动仲裁，要求用人单位依法履行义务。

3. 合同格式不规范影响权益：虽然法律对劳动合同的格式没有严格统一的规定，但如果格式不规范导致劳动者误解或影响其权利行使，也可能引发劳动争议。例如，合同字迹模糊、条款排版混乱导致理解分歧，劳动者同样可以通过仲裁解决纠纷。

4. 未签订书面劳动合同：若用人单位未按照法律规定与劳动者签订书面劳动合同，劳动者也有权向劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁，要求用人单位承担相应责任。

二、申请劳动仲裁的流程

1. 提交申请书：劳动者需要提交书面的仲裁申请书，并附上副本。申请书应当载明双方的基本信息、仲裁请求以及事实理由等。

2. 仲裁受理：仲裁委员会在收到申请后五日内决定是否受理，并通知当事人。决定受理的，还需将申诉书副本送达被申请人。

3. 开庭审理：仲裁庭会提前五日通知开庭日期和地点。无正当理由拒不到庭或中途退庭的，将按撤诉或缺席裁决处理。

4. 仲裁调解：仲裁庭应当先行调解，促使双方自愿达成协议。调解成功的，制作调解书；调解不成的，及时裁决。

5. 仲裁裁决：仲裁庭应当在受理申请之日起四十五日内结束案件审理。复杂案件可以延期，但延长期限不超过十五日。裁决后制作仲裁裁决书送达双方。当事人对裁决不服的，可以在规定时间内向人民法院起诉；逾期不起诉的，裁决书生效。

三、可能的裁决结果

若劳动仲裁委员会认定用人单位存在违法行为，可能会裁决用人单位承担相应的法律责任，包括但不限于：

• 支付经济补偿金；
• 补签或修正劳动合同；
• 补缴社会保险费用等。

四、特别提醒

• 时效性：仲裁程序同样受到时效性的制约。一般来说，时效期限为一年，自劳动者知晓或理应知晓自身权益遭受侵害之日起开始计算。因此，劳动者在发现劳动合同不合法后，应及时申请劳动仲裁，以免错过时效。
• 证据收集：在申请劳动仲裁过程中，劳动者需要提供充分的证据来支持其主张。这些证据包括但不限于劳动合同、工资发放记录、工作沟通记录等。因此，劳动者在平时工作中应注意保存相关证据。

总结：劳动合同不合法时，劳动者完全有权通过法律途径申请劳动仲裁来维护自身合法权益。在申请过程中，劳动者应提供充分证据支持其主张，并按照法定程序进行。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。