结论：员工申请劳动仲裁时，公司一般不可以直接要求结束合同，但具体是否可以结束合同需根据实际情况和法律规定来判断。
分析说明：
劳动仲裁的性质与目的：
- 劳动仲裁是解决劳动争议的一种方式，当员工与公司之间就劳动权益产生争议时，员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。
- 劳动仲裁的目的是公正、及时地解决劳动争议，保护当事人的合法权益，促进劳动关系的和谐稳定。
公司要求结束合同的条件：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司要求结束合同（即解除劳动合同）通常需要满足一定的条件，如员工严重违反公司规章制度、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害、被依法追究刑事责任等。
- 在员工申请劳动仲裁期间，如果公司没有合法依据，如上述提到的严重违反规章制度等情形，一般不能直接要求结束合同。
员工申请劳动仲裁对公司的影响：
- 员工申请劳动仲裁本身并不构成公司解除劳动合同的合法理由。公司不能因为员工申请了劳动仲裁就单方面解除劳动合同，否则可能构成违法解除，需要承担相应的法律责任。
- 如果公司在员工申请劳动仲裁期间违法解除劳动合同，员工有权要求公司继续履行合同或者支付赔偿金。
特殊情况下的处理：
- 如果在劳动仲裁过程中，出现了公司可以解除劳动合同的法定情形，如员工严重违反公司规章制度等，公司可以依法解除劳动合同。
- 但这种情况下，公司需要提供充分的证据证明员工存在违法行为，并且需要按照法定程序进行解除，否则仍然可能构成违法解除。
法律建议：
- 对于公司而言，在员工申请劳动仲裁期间，应保持冷静和理性，不要采取过激或违法的行为。如果公司认为员工存在违法行为或不符合录用条件等情形，应依法收集证据并按照法定程序进行处理。
- 对于员工而言，如果公司违法解除劳动合同，可以及时向劳动仲裁机构或法院提起诉讼或申请仲裁，要求公司继续履行合同或者支付赔偿金。
后续行动指南：
- 如果公司确实需要解除劳动合同，建议先咨询专业律师，了解具体的法律程序和风险，确保解除行为的合法性。
- 如果员工认为公司违法解除了劳动合同，也可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供法律建议和帮助。