结论前置：员工偷了店里的东西，用人单位仍需依法支付其应得工资，但可以依法追究员工的法律责任并进行内部处理，不可直接用未发的工资进行赔偿。
法律依据与解析
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》，工资是劳动者基于劳动关系提供正常劳动后应得的报酬，用人单位不得以任何非法定理由克扣或无故拖欠劳动者的工资。这意味着，即使员工存在偷窃行为，只要其提供了正常劳动，用人单位仍有支付工资的法定义务。
偷东西与工资支付的关系
偷窃行为的法律性质：
- 员工偷窃属于违法行为，根据盗窃财物的价值大小，可能面临不同的法律后果。若财物价值较小，可能违反《中华人民共和国治安管理处罚法》，导致拘留、罚款等行政处罚；若财物达到一定数额，则可能触犯《中华人民共和国刑法》，构成盗窃罪，需承担刑事责任。
工资支付义务的独立性：
- 工资支付与员工的偷窃行为是两个独立的法律关系。前者是基于劳动合同产生的经济权利，后者则是员工个人的违法行为。因此，用人单位不能因员工偷窃而拒绝支付其已提供劳动对应的工资。
用人单位的正确做法
及时收集证据并报案：
- 发现员工偷窃后，用人单位应立即收集相关证据，如监控录像、证人证言等，并根据盗窃财物的价值和具体情况，及时向公安机关报案，由司法机关依法处理。
依规进行内部处理：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了员工存在盗窃等严重违纪行为的处理方式，且该规章制度已经过民主程序制定、内容合法并已向员工公示，那么用人单位可以按照规章制度对员工进行相应的处分，如解除劳动合同。但需要注意的是，这种处分不能替代或免除用人单位支付工资的义务。
通过法律途径追偿损失：
- 如果员工偷窃行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以通过法律途径，如提起民事诉讼，要求员工赔偿损失。但这一过程需要遵循法律程序，不能直接从员工工资中扣除赔偿金额。
避免非法克扣工资：
- 用人单位不得以员工偷窃为由克扣其工资。如果用人单位违反法律规定，以员工偷窃为由不发或少发工资，员工有权通过协商、投诉、劳动仲裁等合法途径来维护自己的权益。
可能的法律后果
- 如果用人单位非法克扣员工工资，可能面临劳动保障行政部门的处罚，包括责令限期支付工资报酬、加付赔偿金等。
- 员工如果因用人单位非法克扣工资而提起劳动仲裁或诉讼，用人单位可能需要承担额外的法律责任和费用。
总结与建议
员工偷窃虽然令人不满，但用人单位在处理此事时必须遵守法律法规，不得以此为由克扣员工的工资。正确的做法应是及时收集证据并报案，同时依规进行内部处理，并通过法律途径追偿损失。如果你作为用人单位在处理此类事件时遇到法律难题，或者员工对此有异议，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。